家畜农家肥是有机肥生产的好原料，但如果未经充分发酵或腐熟而直接施用到作物上，则存在很大的害处：

1、传染病虫害家畜农家肥中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播，作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响；未腐熟的鸡粪在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害的发生。

另外，鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。

线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下50公分-1.5米的深处躲避，所以很难根治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是最致命的隐患之一。

2、二次发酵烧根烧苗

发酵不充分的家畜农家肥施到地里后，当发酵条件具备时，便开始二次发酵，若发酵部位根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。

3、酸化果园土壤

家畜农家肥一般是强酸性肥料（PH值为3.6~4.7），使用时需要发酵调节ph酸碱度。因此在果园里施用酸性家畜农家肥无异于“雪上加霜”，造成果树烂根、黑根、黄叶、树势早衰、养分吸收受阻等危害。

4、毒气危害

生粪用到地里在分解过程中会产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更重要的是产生的乙烯气体有抑制根系生长的作用，也是烧根的主要原因。

5、土壤缺氧

生粪中虽然含有一定的有机质，但是不发酵需要一定时间才能分解转化被利用，在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。

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