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由于鸡粪pH值约在4左右，属于极酸性，会酸化土壤，致使茎基部和根部组织遭受化学创伤和严重破坏，给鸡粪携带的大量病毒病菌、土传性带病细菌、病毒提供了入口和侵染机会，在湿度和温度一旦达到就会爆发病害。

使用发酵不彻底鸡粪，极易造成植株萎蔫，黄枯，萎缩不长，无花无果，甚至死亡；病毒病，疫病，茎基腐病，根腐病，青枯病成为使用鸡粪最明显的后遗症；

鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。