一、早期喷药防治。在大葱软腐病发生初期，可选用72%农用硫酸链霉素4000倍液或77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液喷雾防治，交替用药2～3次可起到明显的防治效果。 
二、排涝。大葱田在遇到强降雨天气后，要及时排出田间的积水，防止根部长时间遭受雨水浸泡。
三、中耕锄划。大雨之后，土壤往往会出现板结的现象，土壤盐渍化程度加重，大葱根系的代谢活动减弱。为此，在雨后要及时中耕锄划，增强土壤表土层的通透性，并喷施新高脂膜和用根施通灌根促进根系尽快恢复生长。
四、防治虫害。高温多雨天气正是葱蓟马、潜叶蝇、根蛆等害虫的高发期，它们往往为害叶片或根系，造成病源的迅速传播。所以应及时喷药防治，葱蓟马可选用2.5%的高效氯氰菊酯2000倍液喷雾防治，潜叶蝇可选用10%的吡虫啉1000倍液喷雾防治，根蛆可选用50%的辛硫磷800倍液配合根施通灌根防治。