随着高温多雨季节的来临，朝天椒的各种病害也随之增加，特别是辣椒病毒病(俗称小叶病)极易发生，发病叶片显然较正常叶片矮小，并涌现花叶、卷叶等，发病严重的地块可减产50%以上。
辣椒病毒病是连续几年来严重影响辣椒丰产的重要病害之一，其传播速度快，能同时危害叶、果实，甚至造成绝产，危害程度较为严重。受害病株一般表现为花叶、黄化、坏死和畸形等4种症状。有时几种症状在同株上出现或引起落叶、落花、落果，严重影响辣椒的产量。
辣椒病毒病常见症状有花叶，黄化、坏死和畸形厥叶等几种。
花叶症：初呈现叶脉轻微褪绿，或呈浓、淡相间的斑驳症状，病株无明显畸形或矮化，不造成落叶。严重花叶症表现凹凸不平，叶脉皱缩畸形，或形成线形叶片，生长缓慢，果实变小，严重矮化。
黄化症：病叶明显变黄，出现落叶现象。
坏死症;病株部分组织变褐坏死，表现为条斑、顶枯、坏死斑驳和环斑等。
畸形症厥叶;病株变形，可能叶片变成线形即厥叶症状，或植株变矮小，分枝异常增多，呈丛枝状。
预防措施：采用配方施肥，改良植株根部环境，促壮根、壮苗，提高抗性，然后结合药剂(防病毒药剂和杀虫剂混合)来综合预防。
预防辣椒病毒病可用1。5%病毒A1500倍液体，0。01%芸苔素2000倍液，配植物生长精1500倍液，0。03%微肥王溶液喷雾，7天一次，连喷2—3次，不但能有效预防病毒病的发生，还能起到保花保果的作用。