新种子法着力构建现代种业制度，为现代农业和林业发展提供种业保障，亮点纷呈。
　　生产、经营许可证“两证合一”，减少许可审批
　　种子生产、经营许可证是对主体资质认定。目前，大多数企业既从事种子生产又从事种子经营。将生产与经营许可“合二为一”，不仅方便了企业，减少了许可成本，也聚集了监管对象，方便了政府监管。
　　从“两证合一”着力，新种子法按照简政放权、放管结合的原则，对生产经营管理制度进行了改革。
　　具体做法上，取消申请许可时注册资金要求和先证后照要求，放宽许可条件。取消企业申请许可时有关注册资金的要求，有利于企业合理配置相关资源，释放更多的潜能。取消先证后照的前置许可条件，生产经营许可证和营业执照可以平行办理，有效缩短了企业办理手续周期。
　　下放许可审批，方便企业申请。下放育繁推一体化企业许可到省级、下放常规作物原种许可到县级，利于企业就近申请，为企业提供了更大便利。
　　建立备案和档案管理制度，构建许可与备案紧密衔接机制，强化事后监管。企业在有效区域内设立分支机构、专门经营不再分装种子的、受有资质企业委托生产或委托销售等四种情形不再办理生产经营许可证，但需要到当地农业主管部门备案。农业部将建立全国种子生产经营许可管理统一平台，为事后监管提供必要的支持。
　　细化档案管理，要求所有种子生产经营者必须真实、全面、全程记录生产、加工、销售等经营活动信息，建立档案并保证可追溯，为可追溯全面实施搭建了一个基础性平台。
　　建立品种撤销制度，确保农业用种安全
　　尽管有诸多严重缺陷品种退出市场，但因过去的种子法没有明确有关品种退出的规定，所以在实际执法过程中，有个别地区依然存在继续生产销售已退出品种的行为。对此，农业主管部门没有处罚依据，无法有效停止相关行为。
　　针对这一问题，新种子法在改革完善主要农作物品种审定制度的基础上，设立了非主要农作物品种登记制度，同时建立了审定品种和登记品种的撤销制度。新种子法第二十一条规定，“审定通过的农作物品种和林木良种出现不可克服的严重缺陷等情形不宜继续推广、销售的，经原审定委员会审核确认后，撤销审定，由原公告部门发布公告，停止推广、销售”;第二十二条第六款规定，“对已登记品种出现不可克服的严重缺陷等情形的，由国务院农业主管部门撤销登记，并发布公告，停止推广”。
　　为保障这一制度较好实施，农业部将根据新种子法要求，在《主要农作物品种审定办法》和《非主要农作物品种登记办法》中明确有关撤销品种的标准、程序，切实加大相关规定的贯彻落实，保障农业生产用种安全。
　　鼓励品种创新，注重转基因安全评价
　　新种子法强调构建现代种业制度的同时，鼓励品种创新和建设品种创新体系。
　　明确国家支持科研院所及高等院校重点开展育种的基础性、前沿性和公益性研究，鼓励种子企业充分利用公益性研究成果，自主培育新品种，完善以企业为主体的商业性育种体系。建立和完善基础性、前沿性和公益性育种与商业性育种有序分工、优势互补、密切配合的种业科技创新体系。
　　种业创新和保护相互促进。新种子法提高了植物新品种保护的法律位阶，增强了新品种保护的力度，有利于促进我国植物新品种保护事业发展。经过人工选育或者发现的野生植物加以改良，具备新颖性、特异性、一致性、稳定性和适当命名的植物品种，是新种子法对植物新品种的法律界定。就是说，不能把生产上用了多年且没有任何改良创新的公知公用的老品种或山上挖来一个植物资源拿来申请新品种保护。
　　切实保障农民用种权利。农民自繁自用授权品种的繁殖材料不属于侵权，但这里的农民指的是实行家庭土地承包的农户，显然，通过土地流转进行大面积土地承包经营的种田大户不应属此列，否则这对品种权人不公平。
　　高度重视转基因植物的安全性评价。新种子法第七条规定，转基因植物品种的选育、试验、审定和推广应当进行安全性评价，并采取严格的安全控制措施。国务院农业、林业主管部门应当加强跟踪监管并及时公告有关转基因植物品种审定和推广的信息。具体办法由国务院规定。