典型的大陆性干旱气候、天然的绿色农产品生产基地、别具一格的绿洲农业等自然条件，为新疆农业铸就了极为丰富的优势资源。规模大、品种多、有特色，是新疆农业的显著特点。近年来，新疆维吾尔自治区各级党委政府深入实施优势资源转换战略，加强现代农业基地建设、科技支撑、加工转化、市场开拓四大能力建设，把棉花、特色林果业、现代畜牧业、区域特色农业做成了农村经济四大支柱。但是，受运距远、企业弱、经济落后、科研乏力、信息不畅等因素制约，新疆特色农产品大多还处于发展初期，主要表现为规模小、品牌少、效益低。
　　如何加快新疆特色农业转型升级？建议国家部委和有关省市加大产业帮扶力度，自治区各级政府要进一步增加投入，全疆上下要同心协力，发挥资源优势，彰显农产品特色，调整农业结构，更新发展观念，转变经营方式，制定长远规划，着力强化新疆特色农业基地建设、科技支撑、加工转化、市场开拓四大能力，不断提升集约化、科学化、产业化、合作化、品牌化、市场化、法制化水平，构建起鲜明新疆特色的现代农业体系，促进新疆特色农业可持续发展，实现各族农牧民长期稳定增收。
　　加强种质资源保护
　　新疆具有世界上最为丰富的种质资源和基因资源，共有高等植物4081种（其中特有种1773种），野生脊椎动物717种，大型真菌200余种，仅次于云南，是我国第二大种质资源省份，可发展成为产业、满足国内外消费需求、增加农牧民收入的特色农产品有上百种，但大多数都没有进行有效保护，没有培育出更多专用型新品种，没有生产出足量优质良种去供给农户。
　　因此，建议国家部委和援疆省市在新疆特色农产品种质资源保护方面加大人才、技术、资金帮扶力度，自治区应列支财政专项，拥有特色农产品物种的地方政府要投入更多力量，建立起高水平的优势特色种质资源保护基地，科研单位要深入研究新疆优势特色物种，尽快培育出适应市场和产业发展需要的专用型优良新品种，种子企业要生产出更多特色良种去满足农民需求，才能实现新疆特色农业的持续健康发展，才能促进农业增效和农牧民增收。
　　增强基地建设能力
　　种类多是新疆特色农业的显著特点，可拓宽农牧民增收渠道，但对形成产业、发展地方经济会产生一些不利因素。随着新疆特色农产品的国内外市场认知度、美誉度的不断提升，绿色天然的新疆农产品在内地大中城市短缺的现象普遍存在，这为独具特色的新疆农业提供了巨大的发展空间。
　　要满足国内外对新疆特色农产品的消费需求，最关键的是建立起一定规模的高标准生产基地，生产出足量的特色农产品，才能保持相对稳定的市场供给。因此，建议国家有关部委和援疆省市大力支持新疆维吾尔自治区，重点从三方面入手，打造并夯实新疆特色农业高标准规模化生产基地。
　　其一，自治区应列支财政专项，调动发挥政府机构、科研院校、社会组织、龙头企业等各方面力量，组织成立专题调研组，深入全疆各地调查研究，根据特色物种分布情况和国内外市场需求，划定适宜发展区域，制定长远发展规划。
　　其二，拥有特色农产品种质资源的区域、县市要结合当地资源特点和农产品特色，针对国内外市场需求，发挥各方面有利条件，利用专业机构调研论证，因地制宜，科学规划，加大支持，优化结构，力推节水滴灌、机采模式等高新农业技术，走集约化经营、标准化管理、品牌化营销之路，加快发展地域特色产业。
　　第三，自治区各级政府应加大支持力度，有关部门要科学制定长远规划，着力推广优良畜禽品种，加强间作饲草品种研发，建立优质饲草料基地，推广应用先进养殖技术，扶持培育农村经济组织，转变畜牧业经营方式，构建现代畜牧业体系，加快发展农区畜牧业。
　　增强加工转化能力
　　目前，新疆特色农产品多是光有基地，没有产业，基本处于当地农民经纪人组织货源、外地经销商出钱收购，将"原字号"产品卖掉变现的盲从状态。再者，外地经销商把新疆特色农产品买去加工包装后高价卖出，既不能帮助新疆农牧民增收，也没有惠及国内外消费者。
　　作为带动特色产业发展的市场主体，新疆的农产品加工经营企业普遍都是"小、散、弱"，经营能力和竞争实力较强的不多，有产品研发能力和精深加工能力的就更少，新疆特色农产品的加工转化率和附加值都很低，加之运距远减缓了市场体系的建立健全，导致新疆特色农产品的产地售价要么上年暴涨次年暴跌，要么长期处于较低区间，资源优势并未发挥出应有的价格优势、经济优势。