微量元素包括硼、锌、钼、铁、锰、铜等营养元素。虽然植物对微量元素的需要量很少，但它们对植物生长发育的作用与大量元素是同等重要的。当某种微量元素缺乏时，作物生长发育会受到明显的影响，产量降低，品质下降。另一方面，微量元素过多会使作物中毒，轻则影响产量和品质，严重时甚至危及人畜健康。
　　1．控制用量、浓度，力求施用均匀
　　作物需要微量元素的数量很少，许多微量元素从缺乏到适量的浓度范围很窄，因此，施用微量元素肥料要严格控制用量，防止浓度过大，施用必须注意均匀。也可将微量元素肥料拌混到有机肥料中施用。
　　2.注意改善土壤环境条件：微量元素的缺乏，往往不是因为土壤中微量元素含量低，而是其有效性低，通过调节土壤条件，如土壤酸碱度、氧化还原性、土壤质地、有机质含量、土壤含水量等，可以有效地改善土壤的微量元素营养条件。
　　3.注意与大量元素肥料配合施用：微量元素和N、P、K等营养元素都是同等重要不可代替的，只有在满足了植物对大量元素需要的前提下，施用微量元素肥料才能充分发挥肥效，才能表现出明显的增产效果。
　　4．根据土壤中微量元素的丰缺状况，采用缺什么补什么，不可盲目施用和过量施用。作物需要微量元素的数量很少，许多微量元素从缺乏到适量的浓度范围很窄，因此，施用微量元素肥料要严格控制用量，防止浓度过大，施用必须注意均匀。也可将微量元素肥料拌混到有机肥料中施用。
　　5．根据土壤的酸碱度施用。土壤pH过高时，会降低土壤中锌、铁、硼、锰、铜等元素的有效性；而在酸性土壤常会引起作物缺钼。所以应根据土壤的酸碱度，有针对性地施用微肥。
　　6．根据作物对微量元素的反应选择施用。各种作物对不同的微量元素有不同的反应，敏感程度不同，需要量也不同，施用效果有明显差异，如玉米施锌肥效果较好，油菜对硼敏感，禾本科作物对锰敏感，豆科作物对钼、硼敏感。