一是种养结合模式。养殖场经干捡粪和固液分离后，粪渣固体经过堆积发酵制造有机肥，用于果园、草地、竹林、蔬菜等植物的基肥，污水通过管道进入沼气池厌氧发酵，沼液通过专门管道或槽罐车辆输送至果园、草地、竹林、蔬菜等植物浇灌。
　　二是循环利用模式。养殖场采用干清粪或自动刮粪，严格控制生产用水，减少养殖过程用水量；场内实施污水管网输送、雨污分流和固液分离，污水经过微生物处理，杀菌除臭，达到循环利用的要求；处理后的污水主要用于场内冲洗粪沟或圈栏等，且无废水排放；
　　固体粪便通过堆肥、基质生产、牛床垫料、燃料等方式处理利用。
　　三是达标排放模式。养猪场经干捡粪和固液分离后，集中的粪渣经过堆积发酵制造有机肥，污水则进入沼气池厌氧发酵，再到沉淀池沉淀、经曝气池好氧处理，水生植物或人工湿地除磷，达到“中华人民共和国畜禽养殖业污染物排放标准（GB-18596-2001）”后排放。
　　四是集中处理模式。在养殖密集区，依托规模化养殖场或专门的粪污处理中心（第三方），对周边养殖场（小区、养殖大户）的粪便和污水进行收集并集中处理。养殖场（户）按出栏头数交纳一定的费用给治污公司，实行养治分离。以上四种模式也是农业部主推的治理模式。