鸡胚在发育过程中，必须进行气体交换，尤其在孵化第19天（夏季还要提前12小时）以后，胚胎开始肺呼吸，需氧量逐渐增大，二氧化碳排出量也逐渐增多。这时如果通风不良，则造成孵化器内严重缺氧，即使将出壳的雏鸡呼吸量加大2-3倍，仍不能满足其对氧的需要，结果抑制了细胞代谢的中间过，使酸性物质蓄积体内，组织中二氧化碳分压增高而发生代谢性呼吸性酸中毒，从而导致心脏搏出量下降，发生心肌缺氧、坏死、心跳紊乱和跳动骤停。
经测定每个胚蛋整个孵化期的耗氧量为4-4.5L,排出二氧化碳3-3.5L。试验证明孵化器内含氧量下降1%，则孵化率下降5%；胚蛋周围二氧化碳含量不得超过0.5%,二氧化碳达1%时，胚胎发育迟缓，死亡率升高，畸形增多。一般空气中正常的氧量可保持在20%-21%。因此通风的关键是设法降低胚蛋周围二氧化碳的浓度，而通风换气的效果又与孵化设备的结构、孵化厅（室）的建筑设计以及孵化机内外环境有关。