鸡胚在发育过程中，必须进行气体交换，尤其在孵化第19天（夏季还要提前12小时）以后，胚胎开始肺呼吸，需氧量逐渐增大，二氧化碳排出量也逐渐增多。这时如果通风不良，则造成孵化器内严重缺氧，即使将出壳的雏鸡呼吸量加大2-3倍，仍不能满足其对氧的需要，结果抑制了细胞代谢的中间过，使酸性物质蓄积体内，组织中二氧化碳分压增高而发生代谢性呼吸性酸中毒，从而导致心脏搏出量下降，发生心肌缺氧、坏死、心跳紊乱和跳动骤停。经测定每个胚蛋整个孵化期的耗氧量为4-4.5L,排出二氧化碳3-3.5L。试验证明孵化器内含氧量下降1%，则孵化率下降5%；胚蛋周围二氧化碳含量不得超过0.5%,二氧化碳达1%时，胚胎发育迟缓，死亡率升高，畸形增多。一般空气中正常的氧量可保持在20%-21%。因此通风的关键是设法降低胚蛋周围二氧化碳的浓度，而通风换气的效果又与孵化设备的结构、孵化厅（室）的建筑设计以及孵化机内外环境有关。比较影响孵化率的诸因素，温度是首位的，其次就应算是通风换气了。孵化机为什么不少书中按温度、湿度、通风....排序，而非温度、通风、湿度呢？原因很简单，人工孵化的方法仿效于母禽抱蛋。母禽抱蛋选在干燥的地方，鸟类多在树上，一次孵化的个数不多、故通风一事不必顾及太多；人工孵化就不同了，现代孵化器的容蛋量在数千数万个以上，如此，通风就显得重要要了，况且，前几年许多试验都证明无水孵化不影响或不太影响孵化率。
老式孵化器大都存在风扇数量少、转速低、分布不合理等弊病，不仅换气不彻底，存有死角，而且也不能将热源热量尽快而均匀地送至各处，使孵化器内温差偏大。为此，应进行改造或更换新的孵化器。