香菇菌种 
     
　　菌丝洁白、粗壮、舒展、均匀，边缘整齐，生长速度快；在瓶壁呈扇面羽毛状发展，生长健壮，会分泌酱油色的水珠。菌丝长满瓶后，10～15天内常见到琥珀色透明液体，并具有香菇特有的芳香气味，无臭味和霉味。 
     
　　如瓶内菌丝柱与瓶壁脱离，说明培养料水分过多所致；若既脱离，菌丝柱又开始萎缩，表面菌皮增厚并变为深褐色，说明菌种已开始老化，不能久存，应立即使用。 
     
　　若菌种柱表面已出现小菇蕾，是好菌种的特征之一，应去掉菇蕾尽快使用；若出现大量菇蕾，则说明菌龄较大已老化，不宜使用。 
     
　　如果菌种瓶内可以看到木颗粒，是培养时间不足，应再继续培养一段时间。若所用的米糠质量太差（含谷壳太多），致使菌丝生长不良，应更换培养基，重新生产。 
     
　　草菇菌种 
     
　　菌丝密集，健壮，分布均匀，透明，有光泽，呈淡黄白色。有大量黄白色或锈红色的厚恒孢子堆，为正常的小粒草菇菌种；若厚孢子较少，为大粒草菇菌种。 
     
　　若瓶内菌丝萎缩、凋零，生长无力，培养基干涸或腐烂，为老化菌种，不能使用。 
     
　　若菌丝洁白、浓缩或瓶内长出墨汁状伞菌为鬼伞，也不能使用。 
     
　　栽培种的菌龄一般不超过20天。若菌种中出现螨害，应予淘汰。 
     
    黑木耳菌种 
     
　　菌丝洁白，像细羊毛状，毛短整齐，浓密，粗壮有力，齐头并进地延伸直至瓶底，生长均匀，上下一致，挖出来成块，不松散。 
     
　　菌丝长满瓶后，在菌体表面一般会分泌出褐色水珠。以后在瓶壁四周和表面出现浅黄色透明胶质耳芽。 
     
　　菌种柱与瓶壁紧贴，瓶内壁附有少量白色水珠的为新鲜菌种。若瓶底有浅黄色积水，菌柱离壁干缩，为老化菌种，不能使用。 
     
　　正常的菌种有黑木耳特有的芳香气味，若有臭味和霉味，或出现斑块状及球状不发菌的现象，是细菌污染，若有其它红、绿、黄、黑等色，说明已被杂菌污染，也不能使用。 
     
　　培养基与瓶壁之间若出现浅黑色的胶质物（耳基），说明是早熟或扩接次数过多的菌种，栽培后耳片小，数量多，不易长大，品质差，产量低，应予淘汰。 
     
　　若瓶内可以看到木颗粒而菌丝很少，说明培养时间太短，应继续培养。若培养一段时间后没什么显著变化，说明培养基营养不足，应予补充。 
     
　　如果菌种长至一半左右或一个角落不再继续生长，可能是太干或太湿之故。若菌丝生长整齐，浓密，突然出现稀疏，并有一明显的分界，说明上部料适中，下部压得过实过密。 
     
　　种木和枝条菌种的表面和内部均应长满白色绵状菌丝，若剖开后不见菌丝，说明种木和枝条太湿，菌丝发育时间太短，应继续培养。 
     
    银耳菌种 
     
　　香灰菌丝呈羽毛状，生长健壮，初期分布均匀，白色，后期在耳基下方出现成束根状分布，表面黑色疤圈多，无其他色斑，说明香灰菌生长良好。 
     
　　银耳菌丝深入培养基即“吃”料深，在耳基下方有厚厚的一层银耳菌丝，木屑颜色变淡，说明菌丝分解力强。 
     
　　银耳菌丝和香灰菌丝二者比例适中，在培养基表面形成洁白体大的白毛团。白毛团生长旺盛，耳基大，说明菌龄小，生活力强，适合木段栽培；若白毛团很小、很多，或瓶内很快出现子实体，说明扩接次数过多，菌龄过大；若白毛团易胶质化变为小木耳，说明菌种已接近生理成熟，均宜代用料栽培。 
     
　　若香灰菌稀疏，不深入培养料中，子实体呈胶团状或胶刺状，不开片，说明培养基太湿或装得过实。如果已有羽毛状的香灰菌，没有白毛团，则必须如银耳酵母状分生孢子才能使用，否则不能使用。如果上半瓶菌丝稀疏或消失，下半瓶菌丝生长正常，而且耳基变淡红色，产生大量红褐色液体，多半是发生螨害。若发现白色絮状菌膜，则为杂菌污染，均不能使用。