棉花枯萎病是典型的维管束病害，在整个生育期均可发生，它有多种表现，有黄化型、黄色网纹型、青枯型、皱缩型、紫红型等。苗期有皱缩型、半边黄化型、枯斑型、顶枯型、光秆型等。棉株遭受病菌侵染后突然失水，叶片变软下垂萎蔫，接着棉株青枯死亡，此为青枯型。黄化型大多从叶片边缘发病，局部或整叶变黄，最后叶片枯死或脱落，叶柄和茎部的导管部分变褐。黄色网纹型子叶或真叶叶脉褪绿变黄，叶肉仍保持绿色，病部出现网状斑纹，渐扩展成斑块，最后整叶萎蔫或脱落，该型是该病早期常见典型症状之一。皱缩型表现为叶片皱缩、增厚，叶色深绿，节间缩短，植株矮化，有时与其它症状同时出现。紫红型苗期遇低温，病叶局部或全部出现紫红色病斑，病部叶脉也呈现红褐色，叶片随之枯萎脱落，棉株死亡。半边黄化型棉株感病后只半边表现病态黄化枯萎，另半边生长正常。该病有时与黄萎病混合发生，症状更为复杂，表现为矮生枯萎或凋萎等，纵剖病茎可见木质部有深褐色条纹。