在保种的同时，运用现代高科技技术对荣昌猪进行选育。在现有的基础上，依靠现代高科技生物技术，运用分子生物学技术、疾病诊断及防治技术和网络技术，对荣昌猪进行保种选育、推广应用。例如，以 PCR为基础，利用随机扩增DNA多态性（RAPD）技术，对荣昌猪选育群的遗传纯度进行适时监测， 同时采用DNA诊断法检测荣昌猪保种选育猪只的氟烷基因，彻底淘汰态氟烷隐性有害基因，以进一步提高荣昌猪的肉质。
　　3．5培育出优质的新品系，以适应市场的需求
　　在保种选育的基础上，以市场为导向，本着一保持、二改良、三提高的原则，通过常规选育和分子选育相结合，不断提高荣昌猪的品种质量和培育出高品质的荣昌猪新品系，以适应市场对高品质猪肉的不断需求。例如采用杂交育种的方式，导入外血，改良原荣昌猪腹部下垂、尻部倾斜的体形等遗传缺陷和提高荣昌猪的瘦肉率，培育新的品系，以适应市场的需要。例如新荣昌猪I系就是经过十年培育成功的荣昌猪新品系，通过市场推广应用，发挥了较好效益。
　　3．6充分利用荣昌猪种资源
　　荣昌猪具有肉质好，鬃质优良的特点，因此可以考虑利用荣昌猪这些特点开发荣昌猪的副肉产品。例如荣昌县开发生产的“冻乳猪”，年产近千吨，远销广东、上海，并出口港澳和东南亚，因品质优良而深受客商的喜爱。此外还可以对荣昌猪猪肉进行特色加工，如对荣昌猪猪肉进行分割，然后制成不同的特色肉类产品，对外销售。