炭疽杆菌主要经消化道感染，也可经皮肤或呼吸道感染。本菌的致病作用主要是由荚膜物质(D-谷氨酸多肽)和菌体毒素复合物(包括水肿因子、保护性抗原与致死因子)等引起。前者可中和体内的杀菌物质，并能抵御白细胞的吞噬作用；后者除上述作用外，还可使组织细胞代谢障碍，引起变性、坏死；使血管内皮细胞肿胀变性，管壁通透性增强；抑制补体活性，激活凝血活酶，发生弥漫性血管内凝血。因此导致出血、水肿、休克和一系列退行性病变。当病原菌突破机体防御机构而侵入血流大量繁殖时，机体可因败血症而死亡。