疫苗免疫对鸡法氏囊病的防治是最简明有效的方法，而免疫的成功与否很大程度上是取决于对疫苗的选择和使用，而对疫苗的选择和使用又在很大程度上依托于对雏鸡体内抗体水平的估计与免疫时间的确定。这里有必要重申母源抗体的重要性；父母代种鸡将保护性抗体传递给其子代雏鸡，由于这种“遗传”的抗体的存在，使雏鸡在早期免遭野毒攻击而发病，但问题是，对于众多养殖户来说，母源抗体始终是个未知数。

法氏囊活疫苗分类为温和型、中等毒力型、中等偏强毒力型。

温和型疫苗的侵袭性最低，接种后不损伤法氏囊，即使用于没有母源的1日龄雏鸡也非常安全，对免疫力的产生没有不良影响，缺点是很容易被母抗中和。

中等偏强毒力型疫苗的毒力最强，能应用于受超强毒和强致病性变异株攻击的鸡群，能迅速突破高母抗体滴度不致被中和，刺激机体产生强被动免疫力，缺点是对法氏囊B细胞伤害力最强，还可致法氏囊和胸腺萎缩，引起强烈免疫抑制。

中等毒力型介于温和型与中等偏强毒力型之间，广泛应用于法氏囊发病不严重的地区。