铅、汞、砷、镉、锰等重金属，农药、化肥、氰化物等有毒物质和病原微生物，特别是大肠杆菌、寄生虫（卵）、有机物腐败产物等更易引起水的污染，危及肉食品的安全。
　　对畜禽场环境质量标准要严格执行
　　GB/T18407.3—2001国家无公害畜禽产地环境质量要求，对畜禽饮用水水质要严格执行农业部NY5027—2001标准。对畜禽饮水水质没有把握的，可取水样送卫生防疫部门检验。
　　要加强饲养畜禽的兽医卫生管理工作，搞好圈舍卫生，改善畜禽的生存环境。要及时清除和处理粪便，更换垫草，清洁圈舍，定期消毒，保持畜体卫生。
　　养殖场对饲料的要求养殖者应尽量采取自配料的形式控制饲料质量，对大宗饲料要固定供应渠道，对玉米等要进行黄曲霉素、农药及重金属残留物定期检测。对添加剂预混料要到正规厂家购买，严格控制药物添加的使用，并严格实施上市前停药期制度。
　　养殖场对用药管理的要求1.畜禽养殖场必须熟悉掌握《兽药管理条例》、《食品动物禁用的兽药及其他化合物清单》、《饲料中允许使用的添加剂》、《禁止在饲料和动物饮用水中使用的药物品种目录》、《动物性食品中最高残留限量标准》、《兽药休药期规定》、《禁止销售含有违禁药物或者兽药残留量超过标准的食用动物产品》等一系列国家相关法规和标准，根据生产的动物品种自觉地执行各种条例，坚决不违规使用药物。
　　2.养殖场应自觉遵守国家对宰前停药期的规定,在停药期内患病宰杀的动物不得食用。任何药物只要按规定剂量、规定给药方使用，并且按休药期规定的天数停药，所用药物在动物机体内的残存量是低于国家规定的最高残留限量的。或者说,只要有足够长的停药期,随着药物不断地从体内排出,肉品中的药物残留是不会超标的。
　　3.建立官方兽医制度。生产者要请专门的兽医指导动物疫病的预防和治疗,使用国家对各种畜禽养殖允许使用的药物,并认真做好用药、停药记录,务必使每一头动物都在休药期满后出栏屠宰上市，必须填写“用药登记”，其内容至少包括用药时间、用药名称、用药方式、剂量、停药日期，并将处方保留一定时间。屠宰场凭兽医签署的休药期结束证明屠宰牲畜，若出现药物残留超标事件，问责相应的兽医。
　　目前除大型养殖场配备专门的兽医外，一般的养殖户除了遇上疾病、重病请兽医诊疗外，大多是自己凭经验选择药物进行动物疫病的预防和治疗。从表面上看，这样可以省去聘请兽医的费用，节省开支，但由于没有受过兽医的专业培训，缺乏对兽医专业知识的深入了解，对动物疾病及药物了解不深，所用药物往往缺乏针对性，给药方案欠合理，不能充分发挥药物的效用，有时甚至出现相互拮抗抵消的后果。这样一来，不仅延长了病程，影响动物生长，而且增加了用药费用；另一方面由于药物种类繁多，各种药物的休药期不尽相同，不是专业人员很难把握，如果在休药期内出栏上市，残留在肉品中的药物大多会超过最高残留限量，会造成一定的经济损失。建议农村散养户在疫病防治上和大型养殖场一样，建立兽医官方诊疗登记制度。如果把这些专业工作交给懂行的兽医去做，无论是在疫病的防治上，还是在药物残留问题上，兽医总会做得更专业到位。如果建立了兽医负责制，出现诸如肉品中药物残留超标的事，则由兽医承担相应的责任。
　　养殖场对药物使用的要求消毒药的安全使用环境和器具消毒药的选择使用，不仅要考虑其消毒效力，还必须考虑消毒药可能带来的药物残留问题。如苯酚有很好的杀菌消毒作用，但日本禁止在家禽中使用苯酚类消毒剂，所以在家禽的生产、加工和运输中应避免使用，以免带来残留和污染。
　　饲料中添加的药物使用饲料中药物添加剂的添加要严格按照农业部有关饲料和添加剂标准添加。对于出口的畜禽，还应根据进口国有关饲料中禁止添加的药物种类（如多种磺胺类药物、喹乙醇、抗球虫药如克球粉和球虫净等），避免在饲料中添加这些药物。购买的饲料一定要弄清其中所添加的药物情况。
　　要推广应用绿色饲料添加剂，如饲用酶制剂、饲用微生物制剂、酸化剂、活性多肽、寡聚糖、防霉制剂、茶多酚、大蒜素等。大量的研究表明，这些绿色饲料添加剂对畜禽、人类无害，具有很好的应用前景。目前单从使用这些绿色饲料添加剂来看，饲养成本肯定是增加的，这也是大多数养殖场主不愿使用的根本原因。但如果从长远看，这些绿色添加剂可以改善畜禽肠道微生物平衡，促进营养物质的吸收，增强机体免疫力，提高饲料报酬，与药物添加剂相比，最突出的优点是不会产生耐药菌。由于动物免疫力增强，发病几率减小，生长良好，出栏天数就可减少；耐药菌株减少，由耐药菌引起的疾病治疗费用也会大大降低。这样无形中使动物饲养的后续成本下降，扣除因使用绿色添加剂造成的成本增加外，总的饲养成本不会增加。随着人民生活水平的提高，真正的绿色食品是受大家欢迎的，即使价格贵一些，还是有着很大的买方市场的。