20世纪70年代中期杂交水稻开始在我国推广，杂交水稻育、繁、推、销等运行模式与机制，对我国杂交水稻生产的发展起了巨大的推动作用，大规模的杂交水稻种子产业由此形成。随着市场经济体制的建立和逐步完善，原有的杂交水稻种子经营、管理模式越来越不适应新的形势，经济转型使杂交水稻种子产业遭遇多方考验。

    市场潜力有待挖掘我国是世界上最大的杂交水稻种子生产国和消费国，具有庞大的杂交水稻种子市场。全国常年种植杂交水稻2.1亿亩左右，每年需要杂交水稻种子约3.5亿公斤。与我国稻区气候条件接近的国家直接引用我国的杂交水稻种子，为我国的杂交水稻种子产业发展带来了巨大商机。例如，近年来越南从广西、湖南等地引入了大量的杂交稻种子，仅2001年从国家杂交水稻工程技术研究中心就引进杂交水稻种子近100万公斤。另外，我国杂交水稻种子增产效果明显，如国家杂交水稻工程技术研究中心的杂交水稻组合近年在缅甸、菲律宾、印度尼西亚、泰国、巴基斯坦等国试种示范，取得了比当地主栽品种显著增产的效果，这也为杂交水稻种子产业化提供了较大的国际市场空间。

    研销分离面临挑战最初，科研育种单位只进行良种选育，转入市场经济以后，科研单位也进入了种子生产经销领域。但头几年科研单位未能充分发挥育种、种子生产和销售的综合优势。科研单位实行新品种自营的同时，种子公司面临有市场无良种的局面，其生存和发展面临巨大困难，一些专营或主营杂交水稻种子的公司严重亏损或濒临倒闭。由此出现了科研单位与种子公司两个体系在市场、品种、人才、资金、效益等方面的不正当竞争，给杂交水稻种子产业化带来一些负面影响。

    销售市场混乱待整治在经济利益的驱动下，一些不具备杂交水稻种子生产、经营条件和资格的单位和个人也纷纷上马，或明或暗地进行非法生产、经营，造成杂交水稻种子产销的多、乱、杂局面，由此也引起种子价格的混乱。这使杂交水稻科研成果的知识产权得不到有效保护，严重损害产权人的利益。更为严重的是伪劣种子或不适合区域生产条件的种子流入市场，坑害农民，造成粮食产量的损失。

    育种研究后劲不足近年来，不少科研人员转向种子生产和销售。有的科研单位的科研人员既搞育种又搞经营，投入研究的人员和时间不断减少，育种研究被削弱，新亲本、新组合的产出进程受到相应影响，进而品种的更新换代速度和良种产业化发展后劲势必受到不利影响。