杀菌剂按作用原理分类主要有保护性菌剂和治疗（内吸）性杀虫菌剂。
保护性杀菌剂是在病菌入侵植物体内之前，从表面杀菌剂或阻止病菌入侵，从而使植物得到保护；治疗（内吸）性杀菌剂是在植物发病或感病后，杀菌剂进入植物体内对植物或病发生作用而改变病的致病过程，从而达到减轻或消除病害的目的。由于植物病害在发病初期对农产品的影响没有病害那么明显，在防治上往往不能引起人们的足够重视。而病菌一旦入侵每繁殖迅速极易流行，危害极大。所以，在病害的防治上强调经防为主，防治结合，即在了病前或了病初期使用保护性杀菌剂，防患末然。如果已经发病或发病严重就该使用治疗性杀菌剂对症治疗。

 保护性杀菌剂一般具有广泛性和耐抗药性，可连续使用。波尔多液是使用最早的传统保护性杀菌剂，成本较低，在蔬菜果树上广泛应用，但由于波尔多液是铜制剂，对作物安全性较差，且易引发红蜘蛛，影响农产品外观质量。现除用作果园清园外逐渐被新型保护剂替代。目前美国罗门哈斯公司生产的“丰收”80%可湿性粉被认为是较理想的保护性杀菌剂，该剂具广谱性、强保护性和耐雨水冲刷、安全性高的特点，广泛应用在蔬菜、苹果、梨、葡萄等作物上防治真菌性病害，如果树的斑点落叶病，蔬菜的早晚疫病、霜霉病等。在发病初期或发病前喷施，会在作物表面形成保护膜，能杀死作物表面病菌、防止病入植拖把体内，从而防止病害发生。

 治疗（内吸）性杀菌剂，一般专化性较强，强调对症用药，如克露以黄瓜霜霉病的特效，但对霜霉病以外的病菌如白粉病、炭疽病等防效甚微。由于连年应用，现在黑腥 病已有很强的抗性。瑞毒霉对黄瓜霜霉症的抗性也已严重产生，所以在治疗性杀菌剂的使用过程中，一定注意和保护治疗性杀菌剂混用或轮换应用。