农民合作社与普通工商企业有本质区别。区分和鉴别二者的主要办法是，看它们的经济利益格局如何设置，这主要有两条：一是看它是否保持了农户家庭经营，二是看它是否对外盈利、对内为“非赢利经济组织”。前者是农民合作社的基础，后者体现了合作社的基本性质和功能，即合作社全部盈利最终应该为全体社员所分享。依据法律，盈利分享主要通过按社员与合作社的交易量大比例“二次返利”，以及无偿为社员提供如技术、培训、管理等服务来实现。四川省三台县的“青龙生猪养殖合作社”就是一个真正的农民合作社的典型，他们的制度设计巧妙且简单易行，令人印象深刻。

　　一、名副其实的农民合作社并不多

　　据《中国工商报》报道，截止到2014年2月底，我国注册登记的“农民专业合作社”已经超过100万家。然而，业内和理论界都清楚，在如此数量庞大的“合作社”中，真正名副其实的农民合作社并不多。

　　其实，区分鉴别农民合作社和普通农业公司的办法很简单，这就是看它们的经济利益格局如何设置，这主要有两条：一看它是否保持了农户家庭经营。只有保持了家庭经营，农户才有自己的农产品向合作社销售，也才能够根据该销售额（或销售比例）分享合作社统一销售或加工销售后的利润（我国《农民专业合作社法》规定，这种“二次返利”的比例“不得低于可分配盈余的60%”）。没有家庭经营，农户也就失去了参与合作社生产经营活动的资格，法律规定的农民合作社的“以农民为主体”、“以服务成员为宗旨”、“民主管理”、“民主决策”等原则，也都没有了根基。

　　二看它是否对外盈利、对内为“非盈利经济组织”。与普通工商企业不同，“农民合作社自身并没有利润最大化的要求，但它谋求社员利益最大化。为此，它对外为全体社员追求利润最大化，对内按照‘平等、公平’原则分配利润。所以，世界各国对农民合作社的性质定位都是‘不以盈利为目的的非赢利组织’，并以此作为其享受政府政策优惠的基本依据”。因此，真正的农民合作社的全部盈利最终都要由全体社员分享（这主要通过按社员与合作社的交易量大比例“二次返利”，以及无偿为社员提供如技术、培训、管理等服务来实现）；相反，若合作社为“能人大户大股东”、龙头企业或各类公司等创办主体带来其独享利润，它就不是真正的农民合作社。

　　实际上，这些名义上的“合作社”，都是一些常见的“农业公司”，属于普通工商企业，而所谓土地入股的“合作社”，其实就是“租地农业公司”。这些农业公司，都是市场经济需要的。它们对于组织农户，实现农业产业聚集，实行农业产业化，都具有积极意义。即使站在农民合作社制度的角度，也不可以否定它们的经济功能。

　　现实的错位在于，它们不应该注册登记为“农民专业合作社”，而应该注册为普通的工商企业。当然，作为普通工商法人，而不是合作社法人，它们不能占用并享受国家针对农民合作社的优惠政策。

　　造成这种现实错位的主要原因有四，（1）我国《农民专业合作社登记管理条例》没有规定农民合作社的实质性要件，如缺少上述“二次返利”及其比例的规定。其实，《农民专业合作社法》已经规定了这些实质性要件，作为配套的“登记管理条例”不再“赘述”也在情理之中。但是，各地工商行政管理部门在具体的登记事务中，事实上并没有按照《农民专业合作社法》严格区分真正的农民合作社与普通的工商企业，这给那些“拦截国家对农民合作社优惠政策”的“假合作社”留下了空子。（2）基层工商部门注册登记农民合作社的手续和程序往往参照公司注册登记，并在其基础上简化，缺乏有针对性的程序和制度，尤其是缺乏按照前述两条实质性要价认定真假农民合作社的“年检”制度。（3）工商部门窗口工作人员缺乏农民合作社基础知识，不理解“合作社法人”与“工商法人”的本质区别。他们对农民合作社的认识主要来自对公司的认识，因而不具备识别真假合作社的能力。（4）此外，主流经济理论对农民合作社制度的研究和认识不到位，是一个更为深刻的原因。