2005年，佟屏亚利用整整一年的各地讲课机会，把这个良种补贴的事情了解清楚了，结果“令他震惊”。2006年2月份，佟屏亚把这次调研情况写成了一篇《良种补贴如何把好事办成好事》的文章，发表在种子业界几份知名的杂志上。之后，佟屏亚又把这些调研内容提炼出要点，写信寄给了国务院。

　　他告诉《投资者报》记者，这封信后由国务院政策研究室接手，有关领导做了批示，据说措辞非常严厉，其中有这样的表述：搞成这个样，出现这些事情，是对人民的犯罪。

　　这两篇文章在农业部立刻引起了轩然大波，正在大连讲课的佟屏亚忽然接到中国农科院的电话，要其迅速回京。

　　当时，农业部派了种植业司、财务司等部门的三位司级官员、两位处长来见佟屏亚，表示说，农业部收到了国务院的批示，已经调研了河南、山东和江苏三个省，来落实佟屏亚两篇文章中提到的问题。

　　农业部的人很客气，拿出了四条改进意见，请佟屏亚“帮助我们完善良种补贴”，但佟屏亚只坚持一条，“把良种补贴直接发给农民”。当时农业部的财务司负责人很不高兴，“我就批评了这位负责人。”佟屏亚说。

　　“我们去完善”，农业部方面最后表示，这场见面不欢而散。其后，农业部确实将良种补贴政策做了部分的改善，佟屏亚也由此感受到了给高层写信的效用。

　　在给温家宝的信中，佟屏亚写到，农业部以“项目”实施良种补贴操作方式，层层设卡，招标采购，成绩不大，弊端很多。概括起来有5句话：搭建了层层索贿的平台，统一供种干预种子市场的正常运行，基层农业局重新成为最大的垄断经销商，剥夺了农民用种的自主权和知情权，还可能导致种子企业濒临破产。

　　“其结果是农民得不到国家扶民政策的实惠，最终造成粮食减产并影响到粮食安全。广大农民和种子企业反映强烈，今年以来在安徽、山东、河北许多省市频发群访事件，要求国务院把良种补贴款直接发到农民手中”。

　　“消失”的“两会”提案

　　几乎与佟屏亚同时，辽宁省丹东农科院的研究员何晶也发现了良种补贴的问题。当地很多农民向身为全国人大代表的何晶反映，“现在的良种补贴是老百姓和种子企业都得不到好处，好处全被主管部门得了”。

　　2月19日，她通过电话告诉《投资者报》记者说：“良种补贴还是直接发给农民好”。

　　一些种子专家和何晶的观点一致，“农业部没有必要替农民选择良种，农民买哪个品种，哪个就是良种”。因为地区环境差异很大，适合这个地方的种子就不见得适合其他地方，适合大面积耕种的良种，到了农民一家一户的小规模种植就不适合了。

　　何晶在2007年全国“两会”期间提出良种补贴直接发给农民的人大议案，当时就有农业口的人打电话给何晶，施加压力，要求撤回这个提案。

　　“他们可能耐了。”何晶说，交上去的议案，他们都给要回来了。回到丹东不久，就有农业系统的官员来找她，问她为什么这么多问题不关注，单单提农口的意见，最后对何晶说：“农口得点钱不容易，反正都在农口花，不管花好没花好，就别提了”。

        良种补贴实施出现或明或暗服务费

　　当年除了何晶，提过良种补贴直补农民的议案，还有四川南充农科院玉米研究室主任崔富华。

　　2月19日，崔富华通过电话告诉《投资者报》记者说，今年肯定还有良种补贴的议案，因为“现在有的公司拿了钱，却给农民坏种子，这是对农民的不负责任”。

　　她说，现在最好的办法就是把良种补贴直接发放给农民，让农民拿发票来报账，优惠20%到30%，这样不但方便而且农民可以自己选择种子。而现在的良种补贴招标，“里面容易出现回扣等腐败问题”。

　　基层农业系统的干部，也对现行良种补贴政策颇有微词，辽宁省丹东市农委种子管理处处长李世良形容现在的良种补贴是“三个不高兴”，农民不高兴，种子经销商不高兴，种子生产商也不高兴。

　　“良种补贴本来是件好事，但在执行中出了问题”，李世良告诉《投资者报》记者说，关键是优良品种要农民自己选择，不能由政府定，种子的区域性很强。现在都是政府操作行为，良种补贴款直接从省里拨到县里，选什么品种做良种县里决定，有的公司把挤压的陈旧的种子，作为良种卖给农民。