在当前蔬菜、水果等农作物无公害栽培中，微生物农药作为无公害农副产品生产的首选品种越来越受到重视。然而，如果使用不当，就会“事与愿违”。在使用微生物农药时应注意以下几个问题。
　　1、适宜的温度。有些农户在施用微生物活体农药时，不注意环境因素，不选择气温适宜的条件下施用，在温度过高、温度较低的时候施用，甚至在冬天和早春寒冷的天气条件下施用，结果不能达到预期的防治效果。因为，微生物农药只有在较高的温度条件下，才能体现较好的生物活性，温度过高或者过低，效果都不显著。试验表明，在25℃～30℃之间，喷施后的微生物活体农药防治效果要比在
　　10℃～15℃之间的高出1到2倍。
　　2、适宜的气候条件下施用。如晴天上午10点钟到下午4点钟前等高温且天气干燥的条件下施用，结果也达不到预期的防治效果。这主要是因为环境湿度不够所致。如白僵菌，作为真菌杀虫剂，制剂主要含白僵活孢子，施用后通过直接接触虫体，或在用物上被害虫吃入消化道，在适宜的条件下孢子萌发，在虫体内繁殖，产生白僵菌素等，导致害虫缓慢死亡。死亡虫体上的菌丝和分生孢子，通过接触或借助于气流又传播至其它健康虫体上侵染，从而造成流行，引起大量个体死亡。落入土壤的白僵菌还能在土壤中越冬，第二年再侵染虫体，继续起杀虫作用，后效明显。因此，微生物农药最好选择阴天、雨后或早晨等湿度大时施用。
　　3、施用时要避免阳光照射。如果没有避开高温，在强太阳光的中午施用，容易引起药效下降。大多数微生物活体农药，最怕强太阳光照射。太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效作用，因此，微生物农药最好选择在上午8点以前、下午5点钟以后或者阴天使用。
　　4、切忌在雨天施用。芽孢类微生物农药最怕大暴雨冲刷，因为暴雨会将喷施的菌液冲刷掉。但喷施后﹙5～6小时后﹚遇到小雨，不但不会降低药效，反而可提高防治效果，因为小雨对芽孢发芽大为有利，害虫一旦食后会加速其死亡。所以要根据天气预报确定施用时间，避免在雨天或施用后就遭暴雨冲刷。
　　5、切忌与化学农药混用。如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。施用后活孢子侵染蚜虫并致死，可持续传染，引起群体大量死亡。如果与化学农药混用，活体真菌被杀致死，自然失去杀虫作用。
　　6、切忌与酸性或碱性物质混用。大多数微生物农药遇酸性或碱性物质，生物活性会不同程度降低，从而降低防治效果。