环境污染、资源浪费问题越来越严重，国家大力提倡生态环保的循环可持续农业发展方式是现代农业发展趋势，更是保障农业生态安全及农产品质量安全的现实需要。三元区农业局从多方面着手推动生态农业高速发展。
　　一是督促指导可养区内10家已签约的生猪养殖场加快改造升级，对250头以下生猪养殖场进行服务指导，指导其做好防疫措施以及环保保护设施。
　　二是继续推广沼气综合利用工作，推广“猪-沼-果（菜、牧草、鱼）”生态综合利用模式1000亩，并推进乡镇村及养殖场2013年农村沼气建设摸底和建池进度督查工作，目前已完成验收323户。
　　三是做好绿色防控技术示范和专业化统防统治推广工作，为沙阳村蔬菜基地菜农送去100套斜纹夜蛾诱捕器、200套小菜蛾诱捕器以及黄板若干件，通过推广各种诱杀技术来防治蔬菜病虫害，减少农药的使用。
　　四是大力示范推广测土配方施肥6.5万亩次，推广应用商品有机肥2.8万亩，并配合业主做好岩前和中村设施葡萄、米洋设施蔬菜3处770亩水肥一体化技术推广指导服务工作。
　　五是做好秸杆腐熟还田项目试验、示范工作，建立2个示范片，面积620亩，试验点1个，监测点3个。
　　六是做好农业面源污染国控监测点监测工作,上半年共完成径流水样采样5批45个，植株样1批9个，为全国农业面源污染测测提供可靠的科学依据。