木瓜主要有以下几个品种：

　　皱皮木瓜，别名贴梗海棠、贴梗木瓜、铁脚梨。果实成熟7～10天后果皮微有皱缩，故名皱皮木瓜。果实可作蜜饯、果酱和果汁等多种食品。干燥的果实做药用。皱皮木瓜属中药木瓜的主流产品。

　　光皮木瓜别名木瓜海棠、降龙木、风水树、、木瓜、榠楂、木李、木梨。落叶灌木或小乔木。光皮木瓜主要供观赏，初夏赏花，秋季赏果，深秋夜色变红也很艳丽。实生苗5～8年后进入花果期，光皮木瓜的药效甚微。因其果实干燥后仍然光滑，不皱缩，故名光皮木瓜。

　　毛叶木瓜别名木桃，原产于中国西南一带。落叶灌木至小乔木，果实卵球形或近圆柱形，可入药，不可食用。