一、蜜环菌多次传代，老化、退化。
　　蜜环菌是供给天麻营养的唯一来源，所以，蜜环菌质量的高低，直接对天麻发生不可逆转的影响，一般生产上要求使用经过脱毒、分离的纯菌种，或用该菌种培育菌材后进行栽培，如此即可保证效果；但是，有的农户为了降低成本，或者使用普通菌种，或者利用老菌材做“菌种”，掺上一些新椴木令其“传菌”，如果第一次使用的是纯菌种，则次年可采用该法，但是，不可超过三年，无限制的连续“传菌”，其后果必然是菌种退化，活力降低，造成天麻减产。
　　二、普通麻种、多年自繁自用，活力下降。
　　天麻生产中，一般要求使用杂交种，如同玉米种、白菜种都使用杂交种是一个道理，杂交优势可使人们获得理想的生产效果；传统的麻种，多是“代代相传”的产物，为了降低成本，有的农民朋友就一直坚持自繁自用，最后发现产量“一年不如一年”，却不明原因。
　　三、培沙过细，透气性差。
　　与其它生物一样，天麻在生长中，也是需要进行呼吸的，因此，一般栽培中要求使用中粗沙，直接用土栽培时，应用腐殖质较高的土壤，假如使用粘性土或者很细的沙子如黄河沙栽培，就没法保证天麻的正常生长。
　　四、栽培场地地下水位高，长期积水。
　　众所周知，蜜环菌可以在水中生存扩大，但是，作为一种植物，天麻就没有该种能力，仅仅积水3天，天麻即可全军覆没，或被蜜环菌“吸空”，或直接烂掉。
　　五、病虫危害。
　　天麻栽培中的病害很少，主要是菌材或椴木上携带的某些杂菌类，它们共同对蜜环菌进行侵害，争夺营养，使蜜环菌不能正常生长，令天麻无法正常吸收营养，导致产量不高；虫害主要有蛴螬等地下害虫，咬食菌丝和天麻。