食用菌生产，每年均有大量的废弃原料产生，特别是老产区和规模生产区。这些废料如果不进行及时妥善的处理，将会给食用菌生产的发展来极大的隐患，轻则造成环境污染，影响以后种菇的产量和质量，重则导致病虫害大量蔓延与危害，造成严重减产甚至绝收。 有很多种菇者在种菇结束后将废料由菇房、场内清除，长期堆放在菇场四周任其腐烂；有的则倾倒在水塘、溪沟、湖泊之中长期浸泡，这些处理方法有百害而无一利。现就如何处理与利用食用菌废料谈几点意见建议：
    1．再利用栽培鸡腿菇。栽培了草菇、平菇、香菇、木耳、蘑菇等品种的废料，只要菌丝生长较好，培养料未被杂菌污染，则可将其晒干整碎后添加30％到新原料中栽培鸡腿菇，其效益相当可观。此法既可降低生产成本，也可进一步提高原料的利用率。
    2．加工成菌糠饲料。食用菌废料中仍有大量的菌丝存在，而菌丝牛含有大量的蛋白质和多种氨基酸未被利用。将那些菌丝生长洁白，培养料未被污染的原料及时晒干后粉碎，添加10％左右到饲料中喂猪、鸡等畜禽动物，同样可取得降低养殖成本，提高效益的目的。
    3．用作林果业、农作物、花卉种植的肥料。种菇后的各种原料是一种优质的有机菌肥。如在柑桔、苹果、梨、葡萄等水果园内进行环状抽槽，沟槽深50厘米，把食用菌废料深施后掩埋，可起到改良果园土壤、提高水果品质、增产增收的效果。而且肥效持久，经济实惠。也可用作棉花花蕾肥，红薯、洋芋的基肥，显著提高产量。在花卉种植中，把种菇后的废料与肥土混合后堆积自然发酵，用来作为花卉苗圃、盆栽的养花基肥，对花卉的土壤结构，通气性、保水持水能力等均有改善。长出的花草枝繁叶茂，花朵艳丽，且成本极低。
    4．用作灭菌燃料。对凡属袋栽的菌类品种，如平菇、香菇、木耳、金针菇、杨•树菇、茶薪菇、银耳、灵芝、猴头等，将出菇后的废菌筒晒干收藏，再用来作生产菌种和熟料栽培时的灭菌燃料，既节约了能源，又节省了生产投资，同时防止了环境污染。
    5．用作菇棚的加温燃料。在冬春季节温度低，种菇的塑料大棚不升温很难出菇。但大多数升温用的燃料是煤炭。用煤炭加温不仅投资大，成本高，而且也是一种资源浪费。种菇者只需将升温灶体结构稍加改变，改烧煤为烧食用菌废料，每年可节约大量的燃料投资。