畸形果是种植甜椒过程中发生较多的问题之一，主要表现为果实生长不正常，长得像柿饼或蟠桃，或果实扁圆形或无规则形状，里面几乎无种子或种子发育不良。
    畸形果是一种生理病害，主要是由于甜椒在花芽分化或开花时遇上了恶劣的天气条件，如温度过高或过低，甜椒的花芽分化不良，或甜椒的花受精不良，或者本来就没有发育完全引起的。一般来说，越冬种植的甜椒，如果种植过早，秋季坐不住果的情况较多。
    防治：1.注意温度控制：秋季在甜椒开花坐果时，温度不宜过高，如果大棚内的温度超过35℃：或者是32℃连续2小时以上，甜椒就会出现授粉或受精不良的情况。春节前后要注意避免大棚内的气温及地温过低，影响甜椒坐果，冲施沃达丰菌物生态复合肥及丰产宝等生物肥，可促进甜椒正常坐果。
    2.注意补肥。甜椒缺乏硼、钙等元素会导致畸形果，要经常注意喷洒含有硼、钙等元素的叶面肥或营养平衡剂，如叶面喷洒绿芬威3号以及硼酸或硼砂等。减少氮肥的施用量，增加钾肥，如磷酸二氢钾、硫酸钾等的施用量，及时喷洒甲壳丰或海力等营养平衡剂，有利于坐果。注意控制植株长势：植株生长过旺，出现畸形果的几率会增大，可通过喷洒生长调节剂或进行整枝、打杈等保证甜椒果实的正常生长。如果甜椒坐不住果，可能会导致植株生长过旺，可喷洒助壮素以及通过温度调控来保证植株的正常长势，以利于果实生长。