大中型沼气工程的种类较多，埋置形式也分地下、半地埋、地上三种，所以应急措施必须具体情况具体应对，但总的应急措施应包括以下几方面：
        1、防漏电措施。大中型沼气工程一般都有电力设备及照明设施等，应切断可能浸水区域的电源，并检查所有电线电缆绝缘有否破损并修补妥当。
        2、防水措施。尽量采取措施防止电力、动力设备进水损坏，电气电路系统防进水漏电。地面敞口池及自流式进料的进料管口所在的酸化池、格栅集水池等加盖坚实的盖板，防泥砂杂质进入池内。
        3、防淹水跌入安全措施。对可能被浸水遮蔽的地面上裸露无盖的敞口池、窨井、管道井、进出料管口等必须用坚实的盖板盖好，如实在无法用盖板的较大敞口池，请在池四周都设置高耸标志围护警示。
        4、池体结构安全措施。地埋池、较深的半地埋池在水灾来临前严禁空池，以防上浮；对于地上构筑物应对地基基础部位重点做好防水措施以免地基土被水流冲刷破坏。
        5、必须做好沼气工程运行关闭的预案，在紧急情况下必须关闭沼气工程的运行。