蕨类植物的病虫害相对较少，但大多数蕨类植物喜欢生长在高温高湿的环境条件下，病虫危害也不可避免。在栽培管理过程中也要加以防治，以提高观赏效果。
一、侵染性病害由病菌造成，使蕨类出现各种病斑，影响观赏。危害严重者还会导致死亡。主要有炭疽病、褐斑病、线虫病、锈病、煤污病、猝倒病等。
1. 炭疽病。真菌病害，其特征是病斑处有粉红色黏状物，主要危害植株的嫩叶。被害部位开始在叶缘或叶尖呈水渍状圆形、近圆形的暗褐色小斑，而后逐渐由几个病斑扩大成不规则的斑块，颜色变为焦黄，有的病斑成云片状，边缘有浅红色晕圈，后期病斑中部变为灰白色，有许多微小黑点，严重时整个叶片死亡。波斯顿蕨柔软的生长点受这种病菌的侵害，顶端变成褐色，萎蔫，损害植物的商品外观。病菌以菌丝体、分生孢子或子囊腔在病叶上过冬，当温度升到20℃、相对湿度超过75%时开始发病，病菌借雨水传播，在25℃、湿度为80%~90%时蔓延迅速。防治：此病以预防为主，在新叶形成的梅雨季节和高温高湿季节应喷药预防。调节温室的温、湿度和通风条件，保持叶片干燥，杜绝病株引入，彻底清除附近的病残体，可预防此病的发生。在发病前或发病初期，每隔7天喷药1次，连喷2~3次，能收到良好效果。有效的药剂有75%百菌清500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800~1000倍液或70%托布津可湿性粉剂800~1000倍液，大生、利得可、施保克等杀菌剂也有很好的防治效果。
2. 褐斑病。蕨类植物的褐斑病又叫叶斑病或叶枯病，常发生在叶片的顶端，受害叶片初期为圆形黑斑，后扩大成圆形或近圆形，病斑边缘黑褐色，中央灰黑色并有小黑点，此后病斑扩大迅速，叶片最后变成黑色干枯死亡。其主要传播途径是落叶，春夏秋季均有可能发生，高温多湿季节易流行。防治：发现病株要立即隔离喷药，或剪除并集中焚烧，同时喷药保护。可采用50%多菌灵1000倍液、50%甲基托布津1000倍液、200倍波尔多液等药剂喷施防治。浇水过多或湿度过大，也易发生褐斑病。发病初期，可用50%代森铵水溶液300~400倍液、70%托布津可湿性粉剂800~1000倍液等药剂喷施防治。
3. 线虫病。又称根瘤线虫或根结线虫，病原物为白色线状两头尖的软体虫子。病株发生褐斑萎蔫，并逐渐枯死。多种温室蕨类植物受线虫的侵害，可由带红褐色或带黑色、从中肋延伸到叶沿的带线辨认出来。把一小片褐色斑块放入水中，显微镜下观察，可清楚地看到小蠕虫在四处活动。防治：清除受害叶片，消除其生长条件，有利于减轻线虫的侵害。用10%克线磷、克线丹或25%丙线磷等杀虫剂，施药后覆盖新鲜黄土，灌少量水，可显着压低根结线虫虫口密度。也有用热水处理防治巢蕨的线虫侵害的，栽植前用43℃热水浸泡植株10~15分钟。
4. 锈病。锈病可发生在蕨类植物的翠云草等种类上，它每年3~4月在幼嫩叶基部反面叶脉上产生担孢子，侵入植株而产生性孢子器与锈孢子器。5月份叶面上散发淡黄色粉末状夏孢子，然后产生褐色的冬孢子，如果大量孢子器侵入植株，植株就会生长不良。
防治：可用65%代森锌可湿性粉剂500倍液、1:1:50波尔多液等进行防治，每隔10~15天喷1次，连喷3~4次，可取得一定效果。
5. 煤污病。蕨类植物的叶片被黑色霉菌的孢子和菌丝体覆盖，通常生长在介壳虫及其它刺吸式昆虫所分泌的蜜露上。应反复喷洒烟碱及肥皂，以防治介壳虫及其它刺式昆虫。
6. 猝倒病。此种病害由两三种不同的真菌引起，使原叶体变软、发黑而解体，在播种繁殖蕨类植物时经常发生。应将蕨类植物孢子播种在用蒸汽消毒处理过的土壤上，或用地可松溶液浇灌处理土壤，也有助于抗御猝倒病。
二、生理性病害
1. 日灼病。多数蕨类喜温暖半阴，不耐强光，光强度以1000~6000Lx为宜。强烈光直射会使叶片干缩脱水，枯黄或焦边。防治方法：在半阴状态下，辅以2~3小时的阳光，       可保持蕨叶常绿；已经焦边的蕨叶，除及时剪去保持叶片整齐外，应悉心养护，避免受到强烈光线的刺激。
2. 湿度失调。空气过于干燥，易造成叶片卷边，故春夏生长盛期需多浇水。但夏季蕨类栽培土既要保持湿润，又不能太湿，以免造成根系生长不良；秋末应控制浇水，保持稍湿润即可；越冬休眠期应减少喷水，以免烂叶。
3. 温度不适。①高温危害。大部分蕨类植物要求适温为18~25℃。盛夏短时的高温也会使蕨叶萎蔫、灼焦。因此，从4月下旬开始，要通过覆盖遮阳、地面洒水及通风措施来降低温度。②低温危害。铁线蕨等半耐寒蕨类要求气温不能低于5℃，下延三叉蕨、鸟巢蕨、瘤蕨等不耐寒蕨类则不能低于10℃。温度太低，叶片受伤害，引起萎蔫、变黑，甚至植株死亡。可采取覆盖、熏烟、多施暖性肥料等措施，保证安全越冬。