在孵化过程中臭蛋很大的危害，臭蛋不仅污染环境影响孵化率，而且危害雏鸡健康。
其危害机理主要是：臭蛋内容物含大量绿脓杆菌，臭蛋一旦爆裂,其内侵入正常种蛋内部繁殖，引起这些正常发育种蛋胚胎死亡、发臭，变成另一臭蛋污染源，再污染其它种蛋，形成恶性循环。另外，臭蛋内高含有浓度的硫化氢气体，散发在孵化室内，影响胚胎的呼吸代谢。如果室内硫化氢达到较高浓度，
将造成胚胎窒息死亡，从而影响出雏率。
臭蛋的形成，臭蛋的形成是细菌感染种蛋的结果。
这些细菌多属假单孢菌属，主要是绿脓杆菌。臭蛋形成的原因主要有以下几个方面：母鸡羽毛、脚、粪便、垫料及鸡舍设备污染了蛋壳，
随着蛋产出后的迅速冷却，内容物收缩，附着在蛋壳上的细菌随之侵入蛋内繁殖。破蛋、裂纹蛋及薄壳蛋，细菌很容易侵入蛋内。由于臭蛋的爆炸，污染同机孵化的种蛋。孵化用具消毒不严，污染孵化的种蛋。
臭蛋的处理，孵化过程中，若发现臭蛋，及被污染的种蛋应轻轻移出该孵化盘，取下没被污染的种蛋，码入另一消毒过的清洁盘中，插入孵化器内。臭蛋及被污染的种蛋装入密封容器内，清出孵化室；孵化盘用5%次氯酸的浸泡
24小时，彻底清洗后再用。
该怎样预防臭蛋，1.为防止种蛋被污染，应做到及时捡蛋，最好每半到一小时捡蛋一次。2.严格挑选种蛋。脏蛋、破蛋、裂纹蛋、薄壳蛋不能入孵，
禁止用湿抹布擦拭种蛋。3.搞好种蛋消毒。种蛋从鸡舍内捡出后，立即用高锰酸钾、
福尔马林熏蒸
20分钟后送入蛋库，上蛋后在孵化室内再熏蒸20分钟。4.照蛋，落盘时应及时发师并除去臭蛋、裂纹蛋。5.搞好孵化用具及孵化室的清洗消毒。孵化用具如蛋盘，
出雏盘要用药液浸泡，冲掉蛋皮、蛋液和胎粪、粘液等污垢。
此外要注意，出雏机出雏完要彻底消毒一次。孵化室地面每两天坚持用5%次氯酸钠或10%来苏尔消毒一次。