通风换气的好坏直接影响孵化效果。我们都知道孵化过程其实也是雏鸡胚胎代谢的过程。这个过程中，是有生命存在的，有生命存在就需要氧气，胚胎发育同样需要充足的氧气，在吸收氧气的同时也要排出大量的二氧化碳。若通风换气不良，二氧化碳过多，将导致引起胚胎畸形及胎位不正等异常现象，严重者会导致胚胎死亡，降低孵化率和雏鸡质量。
有人做过试验，1个鸡蛋孵化成雏鸡，胚胎共需要氧气4000～4500立方厘米，排出二氧化碳为3000～5000立方厘米。可见，孵化期间不仅要通风换气，还要注意通风换气的数量和质量。通风量大小根据胚胎发育阶段而定。孵化初期，胚胎需要的氧气不多，利用卵黄中的氧气就能满足，通风量可以少些，此时机器通气孔少打开点即可。孵化第一个星期，每天换气2次，每次3小时，基本可以保证需求。孵化中后期，胚胎逐渐长大，代谢旺盛，需要氧气和排出的二氧化碳增多，通风量应加大。从第二个星期开始，应打开进出气孔进行不停地通风换气，尤其当机内有破壳出雏的情况下，更应持续换气，否则，易使小鸡闷死。孵化室内也要注意通风。