1、消毒：种蛋进入储存室前应及时消毒，并对接触种蛋的蛋箱、蛋托、蛋架等消毒。
消毒可用福尔马林或过氧乙酸熏蒸。储存前不能用水洗刷种蛋，否则会导致蛋壳上的胶质膜破坏，降低种蛋品质。
2、温度：种蛋保存的适宜温度为12～15，相对湿度为70～80%。
储存室的隔热性能要好，室内温度不能过高或过低，若高于24，胚胎便开始发育，会导致鸡胚衰老、死亡；低于5，鸡胚会受冻，失去孵化能力。保持适宜的湿度，即可降低蛋内水分的蒸发，又可防止霉菌滋生。
3、保存：种蛋保存期间，应将大头朝下放置，使蛋黄位于蛋的中心。种蛋保存时间以产后1周为合适，最好3～5天。种蛋保存1周以内可不翻蛋，若保存时间1周以上时，每天应翻蛋1～2次，以防胚胎与壳内膜粘连，最长保存不能超过两周。