1、孵化厅的内部环境：在进厅门口设消毒池、消毒间，对进厅的车辆、物品进行消毒，每道工序工作结束后立即做好卫生并进行场地消毒，孵化厅内每周二、五彻底做好卫生（包括办公室、餐厅、物品库、浴室、厕所等）并消毒。进入孵化厅的空气应该是干净新鲜的，因为它对孵化厅内的环境卫生的好坏起着重要的作用。所以设计通风系统要科学合理，一般采用负压通风，通风压力由大到小的顺序是：种蛋室一码蛋室一孵化室～照蛋室一出雏室、存雏室斗洗涤室，最好各室都设有进风口、出风口，特别是出雏室的排风口设计一定要合理，避免出雏室排出的空气进入种蛋室、孵化室。进出风口最好安装过滤设施并定期清理和消毒，保证进入的空气干净新鲜。
2、孵化厅的外部环境：每天搞好孵化厅周围的卫生，每周二、五对外围环境消毒2次，在进大门口设消毒池、消毒间、消毒泵，对进场的车辆、物品及人员进行消毒，防止外来病原及孵化废弃物污染环境。