鸡种蛋在整个孵化期中，都要人证操作管理，但是根据胚胎发育的特点，有两个关键时期，1日胚龄~7日胚龄和18日胚龄~21日胚龄。在孵化操作中，尽可能地创造适合这两个时期胚胎发育的孵化条件，即抓住了提高孵化率和雏禽质量的主要矛盾。一般是前期注意保温，后期重视通风。
一、1日胚龄~7日胚龄
为了提高孵化温度，尽快缩短达到适宜孵化温度的时间，采取以下措施：
1.种蛋入孵前预热，既利鸡胚的苏醒，恢复活力，又可减少孵化器中温度下降，缩短升温时间。
2.孵化1天~5天，孵化器进气孔全部关闭。
3.用福尔马林和高锰酸钾消毒孵化器里种蛋时，应在蛋壳表面凝水干燥后进行，并避开24小时~96小时胚龄的胚蛋。
4.5日胚龄前不照蛋，以免孵化器及蛋表温度剧烈下降。整批照蛋应在5日胚龄以后进行。另外，应剔除破蛋。
5.提高孵化室的环境温度。
6.要避免长时间停电。万一遇到停电，除提高孵化室温度外，还可以在水盘中加热水。
二、18日胚龄~21日胚龄
鸡胚18日胚龄~19日胚龄是胚胎从06-06-30膜呼吸过渡到肺呼吸时期，需氧量剧增，胚胎自温很高，而且随着啄壳和出雏，壳内病原微生物在孵化器中迅速传播，此期的通过换气要充分。为解决供氧和散热问题，应采取以下措施。
1.避开在18日胚龄移盘到出雏盘。可提前在17日胚龄，或延至19日胚龄时进行移盘。
2.啄壳、出雏时提高湿度，同时降低温度。一方面是防止啄破蛋壳时，蛋内水分蒸发加快，不利破壳出雏；另一方面可防止雏禽脱水，特别是出雏持续时间长时，提高湿度更为重要。在提高湿度的同时应降低出雏器的孵化温度，避免同时高温高湿。19日胚龄~21日胚龄时，出雏器温度一般不得超过37~37.5。出雏期间相对湿度提高到70%~75%左右。
3.注意通风换气，必要时可加大通风量。
4.保证正常供电，此期即使短时间停电，对孵化效果的影响也是不小的，万一停电的应急措施是：打开机门，进行上下倒盘，并用体温表测蛋温。此时，门表温度计所显示温度绝不能代表出雏器里的温度。
5.拣雏时间的选择，一般在60%~70%雏禽出壳，绒毛已干时，第一次拣雏。在此之前仅拣去空蛋壳。出雏后，将未出雏胚蛋集中移至出雏器顶部，以便出雏。最后在拣1次雏，并扫盘。
6.观察窗的遮光。雏鸡有趋光性，已出壳的雏鸡将拥挤到出雏盘前部。不利其他胚蛋出壳。所以观察窗应遮光，使出壳雏鸡保持安静。
7.防止雏鸡脱水。雏鸡脱水严重影响成活率，而且是不可逆转的，所以雏鸡不要长时间06-06-30器里和放在雏鸡处理室里，雏鸡不可能同一时刻出齐，即使较整齐，最早出的和最晚出的时间也相差32小时左右，再加上分级、打针、鉴别等出雏后的一系列工作，时间就更长。因此从出雏到送至饲养者手中，早出壳者，可能已近48小时，所以应及时送至育雏室或送交用户。