高产配套系的种鸡，父本与母本各系鸡的生产性能特点不同，它们在配套杂交方案中所处的位置是特定的，不能互相调换，否则将来商品鸡的杂交优势就不一样。因此，在引种饲养时，各亲本鸡出雏时都要佩戴翅号或断趾或剪冠，长大后就容易加以区分。特别是自羽蛋鸡，如果混杂了，将来后代就无法自别雌雄。
例如：四系配套的祖代鸡，曾祖代场供雏时，给的A公雏B母雏，C公雏D母雏，由于肛门鉴别不可能都是100％的准确率，A、C鸡中可能出现母鸡，B、D鸡中可能出现公鸡，如不作标记加以区分，将来就会混杂。事先做好标记，在配种前把不该用的公鸡或母鸡淘汰掉，就能保证制种的可靠性。白壳蛋鸡配套系因都是白色，最容易发生父母本的混杂问题，务请做好标记加以区分，像粉壳蛋鸡，如B?鸡，一是两系配套，二是父母本的羽色不同，不作标记，只看羽色就能加以区分，种鸡场防止父母本的混杂，是保证种质的重要问题，必须加以注意。
另外，四系或三系配套的鸡，不经过父母代就用祖代直接生产商品代鸡，是不合理的，不符合制种程序，商品鸡得不到应有的杂交优势。