菠菜根腐病为真菌性病害。菠菜出苗后不久，病菌侵入植株近地面部，造成缢缩猝倒或子叶卷曲成线状死亡。连作地发病重。防治应将畦面做成半圆形，以利于排水；多雨地区搭拱棚覆盖塑料薄膜栽培，以减轻病害发生。

药剂防治可选用９８％恶霉灵可湿性粉剂３０００倍液、６４％杀毒矾Ｍ８可湿性粉剂６００倍液、７２．２％普力克水剂６００～８００倍液、６９％安克可湿性粉剂３０００倍液、８０％山德生可湿性粉剂６００～８００倍液、１．５％多抗霉素可湿性粉剂１５０～２００倍液、５０％多菌灵可湿性粉剂６００～８００倍液等喷雾，每７～１０天一次，连续防治２～３次。