苹果树腐烂病病菌以菌丝和孢子器在老病疤上或病树死组织上越冬。3月下旬至4月上旬，树液开始流动时，潜伏在病疤中的菌丝开始活动、蔓延。下雨后，越冬孢子借风雨传播，侵入树皮内。4月中旬新病出现，4～5月份发病最多，5月下旬病斑上开始产生大量分生孢子，重新传播为害。进入6月份发病显著减少，7月份以后很少发病，直到9月中旬又有新病的出现，10月末停止发病。