采收后要立即进行搔菌，即是把原来接种块上的菇头、死菇蕾及其老菌块全部挖去，并把袋口表面培养基加以搔理，以利于第二批菇蕾的形成。若遇到10―15天后还未见菇蕾，可以在培养基上喷少量清水，但不能过多，以免引起袋内积水，造成菌丝残废或杂菌滋生。采取这种方法可以使菇蕾早些形成，一旦菇蕾形成之后，就要停止在培养基上喷水。

　　一般袋栽金针菇可采收3―4潮菇。以棉籽壳为培养基的，从催蕾至第一潮菇蕾产生，约需一周左右，从菇蕾期至采菇需12―15天，第一潮菇采收完毕至第二潮菇蕾出现需8―10天，菇蕾出现采收10―12天。整个栽培周期约需3个月。至木屑、甘蔗渣培养基的栽培周期约需70天。袋栽金针菇的产量多集中在第一潮，第一潮的产量约可占总产量的60%以上，第二潮为20%左右，白色品种的产量多集中在第一潮，第二潮甚少。因此在栽培上要特别注意栽培前期的科学管理，从而使栽培获得高产稳产。