消毒是预防和扑灭畜、禽传染病的一项重要措施，消毒的方法有机械消毒、物理消毒学消毒和生物学消毒三类。消毒时应根据消毒对象(如禽舍、孵化器等)和病原体的种类(病毒、有芽胞的或无芽胞的细菌等)的不同选用不同的方法。一般常用化学药品进行消毒，但也应结合应用其他消毒方法，才能取得理想的消毒效果。
常用的消毒药有以下几种，也应根据消毒对象、病原体的种类以及消毒药的特性进行选择。
（1）苛性钠(或苛性钾)：2%的浓度能杀死大多数病微生物，4%能在45分钟内杀死细菌的芽胞，但结核杆菌对苛性钠的抵抗力较强，10%苛性钠需要24小时才能杀死。通常用2%～3%热溶液消毒禽舍墙壁、地面等。由于苛性钠溶液腐蚀性很强，因此工作人员在消毒时应穿戴胶靴和橡皮手套。并勿让溶液溅人眼内，消毒后要用水将饲具、地面上附着的药品洗净。苛性钠极易吸收大气中的水分而潮解，渐变成碳酸钠，使消毒效力大大减弱，因而在保存和使用时应加注意。
（2）福尔马林：为37%～40%的甲醛溶液。0.5%～2.5%福尔马林能在6～24小时内杀死一切细菌、芽胞和病毒，可用于禽舍、用具和排泄物等消毒。一般制成溶液进行喷洒和洗涤，也可利用甲醛蒸气进行熏蒸消毒，其方法是按消毒对象(如房舍、孵化器等)的容积每立方米用福尔马林25毫升，高锰酸钾25克，算好各种成分的总用量，将福尔马林倒入瓷盆中，再倒入高锰酸钾，然后紧闭门窗(房舍)或容器(孵化器等)12～24小时，由于高锰酸钾和福尔马林相遇产生高热，使甲醛蒸发，从而达到消毒目的。消毒完毕后，打开门窗或容器，通风换气3～4天，使其中的甲醛气逸散。应用甲醛蒸气熏蒸消毒时，盛装药品的瓷盆的容积应不小于福尔马林容积的4倍，以免福尔马林沸腾时溢出；甲醛蒸气的杀菌力与温度湿度均有关系，消毒时温度应不低于15℃，湿度越大，杀菌力越强。甲醛蒸气也可用于蛋壳的消毒，但对蛋内的细菌(如鸡白痢带菌母鸡所产的蛋，其中往往已有细菌感染)则不能起到消毒作用。为了杀死蛋壳上污染的鸡伤寒杆菌，可在种蛋入孵之前，装盘上架，在单独的房间中，按上述方法进行熏蒸消毒20～30分钟。经消毒处理的种蛋，不能再存放，应立即入孵，也可在孵化器内对新孵不久(6小时以内)的蛋进行甲醛蒸气熏蒸消毒，消毒后应即通风换气。
（3）克辽林(臭药水)：为暗褐色油状液体，是兽医消毒中应用很广的一种消毒剂，常用其5%热溶液消毒非芽胞菌所污染的禽舍和饲管用具。
（4）来苏儿(煤酚皂溶液)：普通浓度对皮肤无刺激性，故消毒中广泛使用。3%～10%热溶液常用于消毒无芽胞菌污染的禽舍、饲管用具及手臂等。结核杆菌对来苏儿有抵抗力，在10%溶液中经过10小时仍能生存。
（5）漂白粉：又称含氯石灰，是氯化钙、次氯酸钙和消石灰的混合物，其主要成分是次氯酸钙。次氯酸钙在水中分解，产生的新生氧和氯都具有杀菌作用。5%漂白粉乳剂能在5分钟内杀死大多数细菌，10%～20%乳剂可在短时间内杀死细菌的芽胞。漂白粉适用于禽舍、土壤、粪便、脏水等的消毒。消毒前先将其配成悬浊液，密闭放置一昼夜，取上清液作喷雾消毒用，沉淀物可用作水沟和地面的消毒，不过粪水和其他液体物质消毒时多采用粉剂。漂白粉对皮肤、金属物品和衣物有腐蚀性，消毒时应注意。漂白粉和空气接触时容易分解，因此应密封保存于干燥、阴暗、凉爽的地方。
（6）新洁而灭：本品有较强的除污和消毒作用，可于几分钟内杀死多数细菌。0.1%新洁而灭用作洗刷饲养管理和孵化育雏用具以及手臂、器械的消毒，或进行喷雾消毒。消毒种蛋也可用其0.1%溶液(温度为31℃～40℃)浸洗5分钟。本品阳离子消毒剂，应用时忌与肥皂等配合，如先用过肥皂、氢氧化钠等，则应先以清水充分洗净后，再用新洁而灭消毒。以上是一些常用的有效消毒药。在应用消毒药进行消毒前，应仔细地对机械清除，这样才能充分发挥消毒药的作用。