动物性食品中残留的抗菌药被人体食入后，对消费者可以产生直接毒性作用，会对人体肠道菌群产生影响，如破坏肠道菌群的屏障作用，肠道菌群代谢活性、细菌数目和相对比例改变，其中危害最严重的是增加耐药菌和破坏肠道菌群的定植抗力。
　　动物中大量应用抗菌药对生态环境的影响
　　目前，全球每年至少有50%的抗菌药是用于畜牧业。它们并不被动物完全吸收，而是有相当部分以原形或代谢物的形式随粪便和尿液排入环境中，这些抗菌药作为环境外源性化学物对环境生物及生态产生广泛而深远的影响，并最终可能对人类的健康和生存造成不利的影响。
　　Hamscher等人对1981-2000年从350-420头的养猪场采集的灰尘样品中的抗生素含量用质谱进行了测定。他们在90%的样本中检测到了泰乐菌素、氯霉素、磺胺二甲嘧啶、几种四环素类药物，其浓度在0.2-12.5mg/kg之间。被污染的灰尘可能成为兽药进入环境的一种途径，继而成为其暴露给人类的途径。
　　药学专家在河水和地下水中也发现了以上药物，浓度在ppb至几个mg/L之间。四环素类药物由于具有水溶性较好、体内代谢后大部分以原形排出以及在环境中不易发生生物降解等特点，容易在水环境中储存和蓄积。
　　抗菌药的大量使用使水环境不仅成为耐药基因的储库，也成为耐药基因扩展和演化的媒介。环境致病菌耐药性的增加和扩散，必将对人类的公共健康构成威胁。