同时，新种子法为农民解决有关种子质量纠纷提供便利，完善了种子索赔的规定。明确种子使用者因种子质量或种子标签和使用说明标注的内容不真实遭受损失的，既可以向出售种子的经营者要求赔偿，也可以向种子的生产者和其他经营者要求赔偿。依据原来规定，只能先向出售种子的经营者赔偿。
　　在处罚方面，也加大了违法行为的成本。对构成犯罪的，刑法规定要判刑，对判处有期徒刑的这些企业的法定代表人和高级管理人员规定了行业禁入。“我希望各级政府和有关部门贯彻新修改的种子法，严格执法，因为农民的利益无小事，所以要时刻把农民的利益放在心上，把保护农民利益作为工作的重点，要做实、做细、做好。”岳仲明强调。
　　串换种子：仅可在当地范围内进行
　　“对于农民自繁自用种子是否可以出售、串换，在分组审议时争议很大，很多人提出要删除这一条。”张延秋说，因为担心农民自由串换的种子来源不清，质量没保障，一旦发生问题无法追偿。
　　也有意见认为，种子特别是常规种子，邻里之间相互串换，今天我看你田里的好，明天我从你那里串换一点来种，是中国农民长期生产的一个习惯，还是符合实际需要的。所以最终讨论，决定保留这一条款。
　　但是，我们在前提条件中加了一个“当地的农贸市场”，将来在种子管理当中要处理好这个度，把农民自由串换和销售商品种子分开。要保障邻里之间，一个村的品种，可以相互串换。也要对钻法律空子，以串换名义实质进行商品种子销售的行为进行制止和打击，种子监管部门将来要做好这两方面的工作，做到放而不乱。
　　转基因品种：将依法依规加强监管
　　张延秋强调，关于转基因品种管理，农业部一直的态度都是四句话，“积极研究、慎重推广、依法依规、加强监管”。这次种子法修改也进一步明确了对转基因品种要跟踪监管和信息公开的要求。我们在落实中，也始终对生产经营未经批准转基因种子的违法行为，进行坚决打击。对批准的作物种子，通过生产经营许可审批，品种审定、登记，标签、档案等要求，建立可追溯制度，依法依规管理。