税费改革后，国家对农田水利的投资均以项目形式下达，先由地方政府写出申请报告，然后向水利部门及其他涉农部门提出申请，最终将项目实施地点落实在本辖区内。在项目实施过程中，水利部门及其他有项目的部门作为项目业主，通过招投标的形式对社会公开发包；而地方政府则做好协调工作，确保项目在当地的顺利实施。项目完成后，由监理单位验收，由项目主管单位交给地方政府管理使用。

　　从整个项目建设的流程来看，项目建设高度技术化和封闭化，一般群众无法参与进来。在项目建设中，水利部门是业主，承包方负责建设，地方政府积极申请，负责协调工作，而作为项目的直接受益者和需求方的农民，则完全没有参与。项目制主导的建设将农民排除在水利建设之外，可能导致建成的农田水利设施脱离农民群众的实际需求，无法充分发挥效益，妨碍农业综合生产能力的提高。

　　国家将水利建设滞后的原因主要归结于投入不足，过于重视资金投入和项目建设，忽视了农田水利组织、管理机制的改革和创新，从而导致农田水利建设的巨额投资不能充分发挥效益。

　　2011年长江流域中下游的大旱具有重要警示意义，它标志着旱灾已由北方传统干旱地区向长江流域的丰水地区蔓延。如果说华北和西北大旱受黄河断流影响较大，而长江流域的水源则是非常丰富的，水利设施也非常完备。这说明，长江流域的干旱并非缺乏水源，也非缺乏水利工程，而是由水利治理失效所致，是一种治理性干旱。治理性干旱的出现，要求我们调整思路，从治理的角度重塑农田水利灌溉系统，以破解当前农田水利治理之困境。一要完善水利项目投资方式，提高农民的参与程度；二要加强水利规划，协调好大中小型水利设施之间的相互配合；三要强化基层水利管理部门的职能，发挥乡镇水利服务中心在水利建设和管理中的作用；四要依托群众自治组织，发挥村组干部的作用，使水利建设更加契合农村的实际需要。