为解决日益突出的“三农”问题，全国农村税费改革从2000 年起，在安徽开始试点并逐步扩大范围，到2003年全面铺开推行。改革内容包括：取消乡统筹、农村教育集资等专门向农民征收的行政事业性收费和政府性基金、集资，取消屠宰税，取消统一规定的劳动义务工；调整农业税和农业特产税政策；改革村提留征收使用办法。

2004 年开始，取消牧业税和除烟叶外的农业特产税；实行取消农业税试点并逐步扩大试点范围，对种粮农户实行直接补贴、 对粮食主产区的农户实行良种补贴和对购买大型农机具户的农户给予补贴；山东、吉林、黑龙江等8个省份全部或部分免征了农业税。

2005年年底28个省区市及山东、河北、云南三省的210个县（市）全部免征了农业税。

2005年12月，十届全国人大常委会第十九次会议通过决定，自2006年1月 1 日起废止《农业税条例》。农业税从此告别历史。