通过近几年检察机关查处的新型农村合作医疗案件看到，当前部分地区村合作医疗费报销过程中存在一些较为突出的问题，应引起重视。
　　（一）财务核算的方法存在弊端。各乡镇卫生院与各个社区服务站进行财务核算时不是采取按照发票或收据金额与交款单位进行核算的方法，而是按照药房给各个社区服务站配置的药品进行核算，发票开具的金额无法与患者实际看病的花费核对，这就为不法之徒提供了可乘之机。
　　（二）医疗发票管理混乱，开具发票的随意性较大。由于各社区服务站往往只配备两名大夫，轮流值班，既要看病，又要负责收钱、拿药、输液、开发票等，没有专人开具发票，责任不明确，而社区服务站往往根据患者的要求开具发票，且为了使患者在合作医疗中增加报销比例、多报医疗费，凡病人在门诊就诊当年累计到 300元或500元以上就可以将治疗、医药费的门诊发票开成住院发票，收款与发票开具不一致，严重破坏了合作医疗报销的制度，为违法犯罪打开了方便之门。
　　（三）缺乏发票审核机制。各乡镇卫生院规定，收据的发放、审核与保管由各乡镇卫生院的财务部门负责，并将每年用完的收据上交到区财政局非税中心。但由于缺乏发票审核机制，财务人员缺少对下辖社区服务站发票的核对，使得一些存在严重问题的发票没有被发现。
　　（四）乡镇卫生院办公经费不足。各乡镇卫生院由于缺乏足够的办公经费，致使部分单位以虚开农民住院或门诊收据然后到合作医疗报销的方法筹措经费，容易造成一些人员以单位的名义将套用的资金中饱私囊。
　　完善新型农村医疗报销制度及工作流程的对策。
　　一是健全乡镇卫生院的财务管理制度。将从前单纯的药品数量核算改为核算药品和以发票金额核算收入的双重管理，既要核算药品的发售、收回的数量，又要核算发票开具的金额与收款金额，从根本上解决虚开发票的问题。
　　二是健全新型合作医疗费报销制度。建议参考城镇医保报销体制，为参加新型农村合作医疗的广大农民建立医疗报销账户，农民报销医药费不通过现金方式给付，而是直接由银行划拨到报销人员的个人账户。
　　三是健全乡镇卫生院经费保障制度。各有关部门要进一步落实各乡镇卫生院的经费保障，根除以农村合作医疗费补充办公经费的现象。
　　建议在各级医院和医疗结算中心之间实行医疗报销电脑联网，保证医疗中心能够及时调取各医院看病的处方和发票，及时辨别发票的真实性，避免不法分子用假发票进行报销，变换方法骗取合作医疗款。