近年来，我国积极探索和实施秸秆资源综合利用技术，主要有秸秆饲用化、秸秆能源化和秸秆还田三种途径，为提高资源利用率和环境保护发挥了重要作用。但是，由于，由于这项工作还处在起步阶段，也还存在一系列问题。

秸秆饲用化遭遇其他利用途径冲击

秸秆富含纤维素、木质素、半纤维素等非淀粉类大分子物质，如果直接作为粗饲料营养价值很低。采用微生物发酵技术，促进秸秆木质素降解、破坏秸秆细胞壁致密结构、释放可利用的碳水化合物和其他营养物质，继而提高秸秆的营养价值，是秸秆饲化利用的常用方法。

实际应用过程中，人们发现纤维素酶产量高的菌种选育、发酵过程中降解终产物对酶的合成和活性抑制作用、外源菌株可能会造成瘤胃微生物菌群的紊乱等问题对饲用秸秆安全性提出了挑战。另外，秸秆收集应用机械化程度低，高劳动力成本，养殖业与蘑菇种植、造纸、秸秆发电等行业之间的激烈竞争等，对经济效益较低的秸秆饲用造成很大冲击。

储运是秸秆能源化利用发展的瓶颈

储运是秸秆能源化利用的首要问题。秸秆的产生具有季节性，导致秸秆收集时间集中和紧迫。我国秸秆收储运体系建设刚刚开始，相关技术和装备比较缺乏，没有形成规范、高效的收储运模式。国内缺乏高效的秸秆粉碎、打捆（包）设备，未经粉碎的秸秆体积大、密度小，秸秆运输主要依靠小型手扶拖拉机和农用运输车，装载量小，安全性差，运输效率低。

随着秸秆原料需求量增加、秸秆竞争性用途增多，农民为追求更大利润会抬高价格，企业为了寻求低成本原料，会扩大收购半径，运输距离过长，造成收集成本过高。秸秆堆放储藏难。秸秆自然堆放体积大，占地广，还极易引发燃烧事故，消防责任重。目前，秸秆的收储运成为秸秆能源利用发展的瓶颈。

秸秆还田利用工作明显落后

秸秆还田及综合利用是农业上解决秸秆出路的主要举措。据美国农业部统计，美国每年生产的4.5 亿吨作物秸秆有一半以上还入农田，对保持土壤肥力起着重要的作用。英国的秸秆直接还田量占总量的73%。日本的秸秆还田率超过68%。

相较这些国家来说，我国秸秆还田工作明显落后。据相关资料统计，2009年全国秸秆产出8.2亿吨，而秸秆还田率仅14. 8%。第二次全国土壤普查数据显示，我国耕地有机质含量逐年下降，平均水平在1.5%左右，不到美国土壤有机质平均含量的一半。研究已经证实，秸秆还田是增加土壤有机质的关键措施，土壤有机质的增加则是土地生产力保证，因此，秸秆还田问题需要升级到土地资源保护的高度来认识。

土秸秆机械粉碎还田是秸秆还田的主要方式，我国作物收货机械发展正处在技术生长期，本身还存在不少设计和制造方面的缺陷，质量参差不齐，作业故障率高，农机与种植农艺多样化的适应性问题没有解决，大规模秸秆还田的农机技术尚不成熟；秸秆还田后土壤湿度增大、地温升高，为某些病虫害的发生和流行创造了适宜的环境条件，并且短期内秸秆无法充分腐解，影响下茬作物播种质量、出苗和苗期生长，还田秸秆的快速腐解技术还没有突破。