由于苗期是以生长为主，即长根、茎、叶为主的时期，棉花长势比较弱，抗逆能力差，且棉花苗期常伴有低温、干旱、病虫害等自然灾害，如管理不慎，容易导致棉田缺苗断茎，影响棉花的壮苗早发。所以棉花苗期应分类采取相应措施，即要预防低温冻害，又要防止高温烧苗，加强管理，及早查苗、补苗，千方百计保全苗、育壮苗促早发，为夺取全年棉花生产奠定丰产基础。
 苗期管理的目标是加强管理，在确保全苗的基础上，狠抓早管，注意改善生长发育环境，促使根系发达，达到壮苗早发。主要应做好以下五方面工作：

   1、播后及时查苗，发现烂芽、烂籽，应及时补种。

   2、适时间苗、定苗，育壮苗。棉苗出齐后，应及时进行疏苗、间苗，防止棉苗拥挤，造成苗欺苗。间苗可分两次进行，第一次在齐苗后，留壮苗，拔弱苗、病苗。第二次在１～２片真叶时进行。定苗在三叶期，此时茎秆基部已木质化，抵抗不良环境能力增强。根据品种特性和水肥条件确定留苗密度（一般情况下每亩留苗旱地瘠薄地3000—4000株，中等肥力2500—2800株，间套棉田2000株以上，松散形 大株型品种棉花要稀植，紧凑形小株型品种可稍微密植）确定株距进行定苗。定苗原则是：留壮去弱、留大去小、去病、去弱，个别缺苗处留双苗。

   3、中耕松土，增温保墒。苗期中耕不仅能破除板结，清除杂草，减少蒸发与病虫危害，促进棉苗根系发育，达到壮苗，促使早发。一般苗期应结合天气情况中耕2--3次，第一次在子叶期，结合间苗。早中耕可提高苗根周围地温，促进根系早发并增加吸收能力，使真叶早出，增强幼苗抗逆性。这次中耕深度４～５厘米。第2-3次中耕时已进入６月份，气温上升，根系已较强大，地上部分生长加快，深中耕可散表墒，促根下扎，并控制节间，在较肥的棉田更显重要，中耕深度5—10㎝。天旱时应浅锄保墒，天雨较多时，应深锄放墒增温。

   4、追肥、灌水。棉花苗期一般不需追肥灌水。但对底肥不足或地力本身瘠薄，棉苗长势差，明显脱肥的田块，可在雨后或灌水前每亩追施尿素6—10斤。凡是补种补栽的棉苗，要肥水给予补充，促小苗赶大苗，促弱苗转壮苗。浇水要小水轻浇，采用隔行沟灌为好，浇后要及时中耕保墒。

   瓜棉套种的田块，应在西瓜收获后，及时清理瓜蔓中耕灭茬，施肥灌水，适时适量进行化学调控，防治病虫害，育壮苗促早发。

   5、适时防治病虫害。

   苗期棉花主要病虫害是：杂草、棉花枯黄萎病、棉苗病、棉苗蚜、棉盲蝽象、棉铃虫、棉红蜘蛛等。

   1、 杂草  可用10.8％盖草能30ml／亩，或6.9％威霸50ml／亩喷雾，或5％精克草能25ml／亩加水　50kg　均匀喷洒

　　2、苗病  中耕松土，棉苗出土后遇雨要及时松土，破除板结，提高地温，减轻苗病的发生。发病初期，建议使用50%多菌灵.福美双可湿性粉剂，或70%代森锰锌可湿性粉剂，或70%甲基托布津可湿性粉剂等药剂800-1000倍液根茎部喷雾。 防治苗期枯萎病可用20%乙酸铜稀释到800-1000倍灌根2次，间隔4天。

   3、苗蚜、红蜘蛛、棉盲蝽

   （1）农业措施  间苗、定苗时，拔出病苗、虫苗，并将其带出田外集中处理，可推迟防治时期，

   （2）药剂防治

   当达到防治指标时选择具有触杀和内吸作用强的杀虫剂进行防治。棉蚜防治指标：棉苗三片真叶前卷叶株率达10％，或4片真叶后卷叶株率达20％时；棉红蜘蛛防治指标：单株虫量20头，棉盲蝽象防治指标：百株虫量10头。

   建议使用20％吡虫啉可溶性液剂或36%啶虫咪4000-5000倍液喷雾防治棉苗蚜，同时可兼治红蜘蛛和盲蝽象。

   4、地老虎  当定苗前被害株达10％，定苗后被害株达5％时，幼虫3龄前，每亩用5％毒死蜱颗粒剂3kg，加适量细沙土混合均匀，撒于棉苗根基处或用50％辛硫磷1kg拌细砂土100kg，每亩撒毒土5－7kg防治；；如地老虎超过3龄，用90％晶体敌百虫1kg加麦麸或饼类100kg制成毒饵防治，每亩撒施2－3kg。