辣椒主要贮藏病害有灰霉病、根霉腐烂病、果腐病等真菌性病害及细菌性软腐病。其中辣椒灰霉病多发生在果实肩部，发病初期在果实表面出现水渍状灰白色褪绿斑，随后在其上面产生大量土灰色粉状物；根霉腐烂病引起果实软烂，病菌从果梗切口处浸入，病果多从果柄和萼片处开始腐烂，并长出污白色霉层；果腐病是在果面产生圆形或近圆形凹陷斑，有清晰的边缘。病斑上生有绒毛状黑色霉层，软腐病发病初期产生水渍状暗绿色斑，后变为褐色，有恶臭味。发生这些病害的果实在田间就已感病，虽然收获时看不出来，但很可能病菌已经浸入而暂时处于潜伏状态，在采后贮运期间会大量发病。贮运期间温湿度条件及管理不当造成的冷害和气体伤害等都是促成发病的因素。防治方法：1、加强田间管理。在辣椒生长期间喷施药剂，抑制各种微生物生长繁殖，大大降低果实采后的腐烂率。2、采收、贮运中尽量防止产生机械损伤。3、贮前严格挑选，剔除病、伤果。4、贮前对仓库、果筐、果箱等都要进行消毒。