1、农家肥的来源比较广泛，成本较低。：农家肥基本都是在农村中就地取材，就地积制，因此其来源广，成本低。
2、农家肥所含的养分比较全面，肥效稳定而持久。：农家肥料不但含有各种大量和中微量营养元素，而且含有一些能刺激根系生长的物质以及各种有益土壤微生物。
3、 改善土壤结构：农家肥中含有丰富的腐植酸，能促进土壤团粒结构的形成，使土壤变得松软，改善土壤水分和空气条件，利于根系生长；增加土壤保肥保水性能；提高地温。促进土壤中有益微生物的活动和繁殖等。
4、 肥效慢但肥效长：农家肥中大部分养分都以复杂的有机态存在，需经微生物转化分解，才能释放出各种有效养分供作物吸收利用，这个过程较慢，因此其肥效很慢，但肥效较长。其肥效可延续3年到5年，因此。农家肥只适合做底肥，一般不宜作追肥和种肥使用。
5、 养分含量低：各种农家肥的养分含量都十分低，只施农家肥远远不能满足作物对营养的需求，必须增施化肥，两者相互补充，相互促进，才能达到用地和养地相结合，农作物高产稳产的目的。
6、可以减少养分固定，提高肥效。化肥施入土壤后，有些养分会被土壤吸收或固定，从而降低了养分的有效性。若与农家肥混合后，就可以减少化肥与土壤的接触面，从而减少被土壤固定的机会。
7、可以保蓄，减少流失，改善作物对养分的吸收条件。化肥溶解度大，施用后对土壤造成较高的渗透压，影响作物对养分和水分的吸收，这就增加了养分流失的机会。如与农家肥混施，则可以避免这一弊病。
8、可以调节土壤酸碱性。农家肥是微生物生活的原料，化肥供给微生物生长发育的无机营养，两者混用就能促进微生物的活动，进而促进有机肥的分解。
9、农家肥有热性，温性和凉性之分，具有调节土壤温度的功效。