农业防治：调控棚内温、湿度 采用地面传统畦灌方式的，在棚内两端各挂一只温度计，定时测定观察棚内温、湿度。白天棚内温度控制在23℃~27℃，夜间温度控制在16℃~20℃，空气相对湿度控制在70%~80%。
人工操作消毒在缓冲间与进大棚门前建长1.2米、宽1米的草垫石灰消毒池，每15天撒一次生石灰，保持池内湿润，进大棚作业双脚通过池内消毒，防止携带外界菌源。配备0.5%的高锰酸钾消毒液桶，如摘剪到病果后随即用其消毒剪刀和乳胶手套，防止病菌接触浸染传播。
    农药防治：疫病防治青椒定植成活后，用64%的杀毒矾400倍液、72%的甲霜灵锰锌500倍液、72%的杜邦克露700倍液交替进行喷施，每7天喷一次，连喷2~3次。灰霉病及菌核病防治门椒到对椒时期喷施20%的绿帝400倍液或速克灵1200倍液防治灰霉病；喷施40%的哇灵400倍液或施百功1500倍液防治菌核病。软腐病防治在初花期及收获后期都应加强病情监测，可用77%的可杀得700倍液与72%的农用链霉素3000倍液交替喷施。