首先，仓库或窖要清理、消毒，通风换气，使库(窖)内湿气排除、温度下降。对要入库(窖)的马铃薯，先晾晒，使其在库(窖)外渡过后熟期，然后装袋码垛，垛不要高，一般码五袋高，两列并排为一行，行与行之间要留半米左右的通风道，行的长度视库(窖)的大小来定。包装袋最好选用网眼袋，利于通气散热。要用木杠将袋子与地面隔开，利于地热及土地湿气的散失。马铃薯贮藏期间的温度调节最为关键。因为贮藏温度是块茎贮藏寿命的主要因素之一。环境温度过低，块茎会受冻；环境温度过高会使薯堆伤热，导致烂薯。一般情况下，当环境温度在-1--3℃时，9个小时块茎就冻硬；-5℃时2个小时块茎就受冻。长期在0℃左右环境中贮藏块茎，芽的生长和萌发受到抑制，生命力减弱。高温下贮藏，块茎打破休眠的时间较短，也易引起烂薯。最适宜的贮存温度是，商品薯4—5℃，种薯1—3℃，加工用的块茎以7—8℃为宜。 环境湿度是影响马铃薯贮藏的又一重要因素。保持贮藏环境内的适宜湿度，有利于减少块茎失水损耗；但是库(窖)内过于潮湿，块茎上会凝结小水滴，也叫“出汗”现象。一方面会促使块茎在贮藏中后期发芽并长出须根，另一方面由于湿度大，还会为一些病原菌和腐生茵的侵染创造条件，导致发病和腐烂。相反，如果贮藏环境过于干燥，虽可减少腐烂，但极易导致薯块失水皱缩，同样降低块茎的商品性和种用性。 马铃薯无论商品薯还是种薯，最适宜的贮藏湿度应为空气相对湿度的85％一90％。 商品薯贮藏应避免见光，光可使薯皮变绿，龙葵素含量增加，降低食用品质。种薯在贮藏期间见光，可抑制幼芽的生长，防止出现徒长芽。此外，种薯变绿后有抑制病菌侵染的作用，避免烂薯。另外，贮藏期间要注意适量通风，保证块茎有足够氧气进行呼吸，同时排除多余二氧化碳。 影响马铃薯块茎贮藏的内部因素有两个，一是品种的耐贮性，二是块茎的成熟度。在同样的贮藏条件下，有的品种耐贮性强，有的品种耐贮性差。因此应选择适于当地贮藏条件的品种。另外成熟度好的块茎，表皮木栓化程度高，收获和运输过程中不易擦伤，贮藏期间失水少，不易皱缩。此外，成熟度好的块茎，其内部淀粉等干物质积累充足，大大增强了耐贮性。末成熟的块茎，由于表皮幼嫩，未形成木柱层，收获和运输过程中易受擦伤，为病菌侵入创造了条件。由于幼嫩块茎含水量高，干物质积累少，缺乏对不良环境的抵抗能力，因此贮藏过程中易失水皱缩和发生腐烂。