在棉花栽培管理过程中，要想取得高产，收获优质棉花，苗期管理是关键。所以在管理上争取达到苗全、苗齐、苗壮，为棉花高产打下一个良好的基础。
    适时定苗
    苗荒胜于草荒，适时定苗能防止出现高脚苗，及时解决棉苗拥挤、争肥、争光、争水的矛盾，且便于及时中耕、治虫。对于促进棉苗根系生长、防止死苗和促进早发都有很好的作用。一般棉花应在长出1片真叶时定苗，条播棉田可以用划上株距标准的竹竿一次定苗，选留匀苗壮苗。盐碱地可推迟到二三片真叶时定苗。
    及早中耕
    中耕能疏松土壤，提高地温，消灭杂草，促水通气，加速土壤养分分解，防止和减轻棉苗病害的发生，是实现棉花壮苗早发的主要措施之一。在土壤湿度过大、地温低、土壤板结的露地直播棉田，效果特别显著。中耕的次数和深度应适当，以达到土壤不板结，田间无杂草。一般进行2～3次，棉苗周围浅，行间深可达7～10厘米。
    防治病虫害
    病害。苗期病害是影响棉花苗全、苗壮的主要障碍。危害棉花根部的病害有十种，其中能引起烂根、烂芽、茎基腐、根腐，其次是根腐病，危害子叶、真叶及茎部为主的病害有茎枯病、角斑病、斑病、软腐病等。但对棉花发育影响最大的是：立枯病、炭疽病、红腐病。在棉苗出土前就能发病引起烂种，引起烂种、烂芽和根部腐烂等。轻者影响棉苗生长发育，重者造成苗期大量死苗，造成严重的缺苗、断垄，重者造成全田毁灭性死亡。防治方法：合理轮作，精细整地，平衡施肥，增施有机肥或生物抗生菌肥、使用包衣种子，播前连续暴晒2～3天，适期晚播提高播种质量。苗期，用80%退菌特200倍液或50%的多菌灵或70%的甲基托布津或炭特灵或大霉素灌根。铃期防治棉红腐病可用50%的多菌灵500倍或70%代森锰锌800倍喷雾。
    虫害。棉花苗期的主要是棉蚜、棉叶螨、棉蓟马、地考虎等。随着转基因抗虫棉的普及、麦棉套种和使用脱绒包衣棉种的棉田面积扩大，棉田害虫天敌的数量增多，棉花害虫种类、危害程度，也发生了很大变化。因此，棉花苗期害虫的防治，要注意保护利用天敌，区别不同类型的棉田，分别进行虫情测报和防治。棉花苗期害虫的防治以棉蚜为重点，首先用3%的呋喃丹颗粒拌种，然后出苗以后用氧化乐果进行防治。
    适当追肥，控制浇水
    施肥。棉花苗期需水量只占一生需肥总量的5%，所以，在施足底肥的棉田和高产棉田，一般不追肥。但对于地力较差，底肥数量不多的棉田，应早施提苗肥，捉苗期追肥以速效氮肥和腐熟的有机肥为主。一般每亩施标准氮肥5千克左右即可。
    浇水。棉花苗期需水少，为促使棉根下扎，棉棵敦实。在造好底墒的棉田，一般不需要浇水，并尽量推迟第1次浇水时间，以免降低地温，引起苗病，造成苗弱迟发。若10～40厘米土层，土壤最大持水量低于50～55%时要及时浇水。苗期浇水，水量宜小，采取沟灌，或隔沟灌水，浇后及时中耕，破除板结。